Decorarea bisericii și pictura interioară s-au realizat în peste 20 de ani, frescele reprezentând peste 1000 de teme și subiecte religioase. 

Prin dimensiunile impresionante și prin bogăția ornamentală, pictura Mănăstirii Rila este o adevărată operă de artă și compoziție. Pictura este o îmbinare între rigoarea canonică a picturii bizantine și abordarea realistă a Școlii de pictură de la Samokov, recunoscută ca o adevărată pepinieră de pictori de biserici bulgari.