Istoria Mănăstirii Agapia este strâns legată de istoria Schitului Agapia Veche sau Agapia din deal. Denumirea de Agapia provine de la sihastrul Agapie care s-a nevoit în poiana unde se află astăzi Mănăstirea Agapia Veche. Deoarece mănăstirea din deal era greu accesibilă, după anul 1600 unii călugări s-au stabilit aici și au construit o biserică de lemn. Ctitorul Mănăstirii Agapia din Vale sau Agapia Nouă este hatmanul Gavriil Coci, fratele domnitorului Vasile Lupu (1634-1653). El a construit Biserica cu hramul „Sfinții Voievozi Mihail și Gavriil“ în perioada 1641-1643, după planurile arhitectului Enache Ctisi de la Constantinopol. Lăcașul de cult a fost sfințit în anul 1646 de mitropolitul Varlaam Moțoc al Moldovei, înconjurat de un mare sobor de preoți și călugări, în prezența domnitorului Vasile Lupu. Invaziile cotropitorilor au avut urmări dezastruoase pentru mănăstire. De mai multe ori călugării au fost siliți să se refugieze în munți sau să treacă munții în Transilvania, lăsând mănăstirea pustie. Menționăm doar atacurile turcilor și tătarilor din 1671-1672, când mănăstirea a fost avariată; jefuirea Agapiei de către tătari în iarna anului 1674-1675; prădarea mănăstirii de către poloni în 1680, care au transformat biserica mare în grajduri de cai sau avarierea mănăstirii de către oștenii regelui Sobieski în perioada 1689-1693. Până la începutul secolului al XIX-lea, Agapia a avut obște de călugări. În anul 1803, dorind să înființeze un Seminar de preoți la Mănăstirea Socola din Iași, mitropolitul Veniamin Costache al Moldovei a dispus ca cele vreo 50 de maici de la Socola să se mute la Mănăstirea Agapia. Printr-un hrisov domnesc al lui Alexandru Moruzi, Mănăstirea Agapia a devenit mănăstire de maici. Cu acest prilej, a fost înființată o școală pentru călugărițe, unde să învețe psaltichie, limba greacă, precum și meșteșugul broderiei și țesătoriei. Ca stareță a fost numită maica Elisabeta Costache, sora mitropolitului. La 16 septembrie 1821, în timpul domniei lui Mihai Șuțu (1819-1821), complexul monahal a fost mistuit de un incendiu. Mănăstirea aavut de suferit și alte stricăciuni de-a lungul vremii, dar de fiecare dată a fost refăcută. Ample lucrări de restaurare a bisericii s-au desfășurat între anii 1995-2009, fiind corectate unele deficiențele structurale și refăcută pictura.