Prima mențiune documentară a mănăstirii datează din anul 1437. Denumirea de „Agapia” provine de la sihastrul Agapie, care s-a nevoit în poiana unde se află în prezent Schitul Agapia Veche. Deoarece acesta era greu accesibil, la începutul secolului al XVII-lea, unii călugări s-au stabilit pe locul actualei mănăstiri. Ctitorul Mănăstirii Agapia (Agapia din Vale sau Agapia Nouă) este hatmanul Gavriil Coci, fratele Domnului Moldovei Vasile Lupu. Pe lângă biserica mare (pictată de Nicolae Grigorescu), mănăstirea mai are un paraclis și alte două biserici, dar și un Muzeu Vivant.