El este susţinut de către Frăţia Musulmană, facţiunea politică din Egipt care a câştigat alegerile parlamentare.

Morsi este considerat ca fiind reprezentantul părţii radicale din Frăţia Musulmană, şi există temeri că va încerca să instureze un regim islamic în Egipt, deşi a negat de mai multe ori acest lucru. De asemenea, el a insistat că va menţine tratatul de pace cu Israelul, deşi i-a numit pe liderii Israelului vampiri şi criminali. Cel mai mult se tem pentru viaţa lor creştinii copţi din Egipt, în număr de aproximativ 10 milioane, supuşi zilnic la umilinţe, discriminare şi persecuţie de radicalii islamişti din ţară, toleraţi sau susţinuţi pe faţă de forţele guvernamentale.

Morsi este de asemenea un islamist cu studii academice în California de Sud şi unul dintre liderii marcanţi ai Frăţiei Musulmane. Arestat de mai multe ori de regimul Mubarak, el şi-a făcut o aură de dizident, refuzând să evadeze din închisoare în „Vinerea Mâniei” – 28 ianuarie 2011 şi vorbind agenţiilor de ştiri internaţionale despre legitimitatea unui regim democratic în Egipt. În acest moment, zeci de mii de oameni s-au adunat în Cairo, în Piaţa Tahrir, pentru a sărbători victoria protestatarilor împotriva regimului trecut, relatează CNN.