Situată în Asia Mică, în istoricul Trapezunt, mănăstirea a fost fondată în anul 386 d.Hr., în timpul domniei împăratului Teodosie cel Mare (375-395). După tradiţie, doi monahi au găsit aici o icoană a Maicii Domnului făcătoare de minuni, aceasta identificându-se cu prima icoană a Maicii Domnului pictată de către Sfântul Apostol şi Evanghelist Luca. După căderea Imperiului de Trapezunt, ultima baricada bizantină, Mănăstirea Panaghia Soumela a intrat sub stăpânirea sultanilor otomani. Au urmat secole de încercare, dar şi perioade de renaştere.

Istoria s-a reînnodat pentru scurt timp în anul 1931, când un monah a fost lăsat să locuiască acolo. După doar un an a fost alungat de către autorităţi, părintele luând cu sine icoana Maicii Domnului, împreună cu alte relicve sfinte, și  le-a dus în Grecia, unde au fost expuse la Muzeul Bizantin din Atena.

După lungi tratative cu guvernul turc, în anul 2010, după 88 de ani, Patriarhul Ecumenic Bartolomeu I a săvârşit dumnezeiasca Liturghie în ruinele fostei Mănăstiri Panaghia Soumela. De atunci, în fiecare an, peste 10.000 de credincioşi urcau la 15 august la altitudinea de 1.063 metri, ca să o cinstească pe Maica Domnului.

Însă conform comunicatului oficial al Ministerului de Cultură turc, în anul 2016, săvârşirea dumnezeieștii Liturghii la Panaghia Soumela nu va fi posibilă „pentru a nu fi oprite lucrările de întreținere și conservare efectuate la mănăstirea de pe muntele Melas”.