Partenie Clinceni s-a născut la 10 octombrie 1847, într-o familie preoțească în localitatea Clinceni, judeţul Ilfov, numindu-se din botez Petru Stancu. A urmat studii de teologie la Seminarul „Central” din Bucureşti (1861 – 1868) şi la Facultatea de Teologie din Atena (1873 – 1877). A urmat şi cursurile Facultăţii de Litere din Bucureşti (1870 – 1872). A fost căsătorit, după terminarea studiilor seminariale fiind hirotonit diacon. După moartea soţiei, s-a călugărit (1877) şi a fost hirotonit ieromonah, iar la scurt timp a fost hirotesit protosingel şi arhimandrit. A fost superior al Capelei române din Leipzig (1878 – 1880) şi apoi a celei din Paris (1880 – 1886). La 2 februarie 1886 a fost hirotonit arhiereu cu titlul de ,,Bârlădeanul‘‘, iar spre sfârşitul anului a fost ales episcop al Dunării de Jos, unde a păstorit timp de 16 ani.

Locotenent de mitropolit după moartea lui Iosif Naniescu

După moartea mitropolitului Iosif  Naniescu, episcopul Partenie Clinceni a fost numit, prin decret regal, locotenent mitropolitan al Mitropoliei Moldovei şi Sucevei. În arhiva centrului eparhial Iaşi se păstrează corespondenţa dintre episcopul Partenie şi arhimandritul de scaun Nicodim Munteanu, prin care se aducea la cunoştinţa celui din urmă hotărârea regală şi i se punea în vedere ca să facă demersurile necesare pentru ca la slujbele bisericeşti din eparhie să fie pomenit noul locotenent mitropolitan. La 27 ianuarie 1902, a doua zi după moartea mitropolitului Iosif, episcopul Partenie a sosit la Iaşi şi după ce a asistat la slujba Sfintei Liturghii şi la trisaghionul săvârşit pentru pomenirea răposatului ierarh moldovean, s-a îngrijit de cele necesare pentru inmormântara care s-a săvârşit a doua zi.

El s-a aflat la Iaşi și între 26 şi 31 decembrie, stând în preajma mitropolitului Iosif care se arăta a fi din ce în ce mai slăbit. La 28 ianuarie, înconjurat de mai mulţi ierarhi, preoţi şi diaconi, şi în prezenţa autorităţilor centrale şi locale şi a numeroşi credincioşi a săvârşit slujba Sfintei Liturghii şi apoi pe cea a înmormântării mitropolitului Iosif. La 30 ianuarie episcopul Partenie a stabilit rânduiala după care să fie făcută în eparhie pomenirea mitropolitului Iosif. Timp de 40 de zile a fost rânduit ca după slujba Sfintei Liturghii săvârşită în sobor în catedrala mitropolitană, să fie făcut trisaghionul la mormânt. În zilele a 9-a, 21 şi 40 panihida urma să se facă nu doar la catedrala mitropolitană din Iaşi, ci şi la toate bisericile din Iaşi şi la bisericile catedrale ale judeţelor ce aparţineau jurisdicţiei Mitropoliei Moldovei şi Sucevei. Panihidele urmau să se facă apoi la trei luni, la şase luni, la nouă luni, la un an şi în fiecare an până în cel de-al şaptelea. În timpul celor 40 de zile de pomenire, la slujba săvârşită la catedrala mitropolitană urmau să ia parte în sobor preoţii din Iaşi şi din toate orașele eparhiei, iar după posibilitate și cei din mediul rural. Protopopii aveau îndatorirea să alcătuiască listele preoților liturghisitori, astfel încât să nu fie afectată viața liturgică și pastorală din parohii.

La 2 februarie, de hramul catedralei mitropolitane din Iași, episcopul Partenie Clinceni a slujit Sfânta Liturghie alături de arhiereii Conon Băcăuanul și Narcis Crețulescu, după care au oficiat slujba parastasului la mormântul mitropolitului Iosif.

La 8 februarie 1902, episcopul Partenie a fost ales mitropolit al Moldovei și Sucevei.

Instalarea la Iaşi

Noul mitropolit a fost instalat la Iași duminică, 24 februarie 1902. În dimineața zilei respective a fost întâmpinat la gară de oficialitățile orașului, cler și credincioși. În sunetul clopotelor bisericilor din oraș, coloana oficială a mers la catedrală, acolo unde ierarhul a fost întâmpinat după obicei de clerici și îmbrăcat în mantia arhierească de diaconi. A urmat rânduita închinare la icoane, timp în care corul dirijat de Gavriil Muzicescu a intonat cântarea „Cuvine-se cu adevărat!” Așezat în fața tronului arhieresc, mitropolitul Partenie, împreună cu toți cei de față a ascultat decretul regal citit de Spiru Haret, ministru al instrucțiunii și cultelor, prin care arhiereul Partenie, episcop al Eparhiei Dunării de Jos era întărit în scaunul vacant al Mitropoliei Moldovei și Sucevei. În cuvântul rostit, noul mitropolit s-a arătat conștient de însemnătatea demnității la care a fost chemat și hotărât a-și da toată silința pentru întărirea Bisericii și propovăduirea cuvântului Domnului în popor, urmând astfel vrednicilor înaintași. După oficierea unui Te-Deum a urmat slujba Sfintei Liturghii, după care toți cei prezenți s-au îndreptat spre mormântul mitropolitului Iosif, unde a fost făcut un parastas. Cuvintele de bun venit și felicitările au fost adresate noului ierarh în incinta reședinței mitropolitane.