Patriarhul Teoctist l-a iubit mult pe Sfântul Voievod Ștefan cel Mare. Între sfinții și eroii românilor, îl așeza la loc de frunte: „Să păstrăm demnitatea pe care ne-a lăsat-o domnitorul, curajul său, cuprinderea sa, cuprinderea credinței adevărurilor religioase. Să știm unde-i ușa bisericii, și ușa e Hristos”.

Din evlavia pentru Slăvitul Voievod și pentru istoria de cinci veacuri a ctitoriei și necropolei acestuia, s-a simțit chemat să participe la înnoirea Mănăstirii Putna. Cu hotărâre și discreție, Mitropolitul Teoctist va realiza împreună cu obștea mănăstirii mai multe lucrări importante, culminând cu ridicarea Casei Domnești, în plan material, și cu proclamarea solemnă a canonizării Sfântului Voievod Ștefan, în plan duhovnicesc. Astfel, s-a înscris în rândul ctitorilor noi ai mănăstirii. Între anii 1980 și 1984 au avut loc lucrări importante la paraclisul mănăstirii, cu hramul Sfinții Apostoli Petru și Pavel. S-a adăugat un pridvor, după indicațiile Mitropolitului, iar întregul Paraclis a fost pictat. Pictura în frescă, de 725 metri pătrați, a fost realizată de către frații Mihail și Gavriil Moroșan.

Lucrarea de cea mai mare anvergură prin care Patriarhul Teoctist se înscrie în rândul ctitorilor Putnei este Casa Domnească. Conform pisaniei, înălțarea ei s-a făcut „cu întreaga cheltuială a Mitropoliei Moldovei și cu purtarea de grijă a Înaltpreasfințitului mitropolit Teoctist”. În Arhiva Mănăstirii Putna se păstrează fotografii care îl înfățișează în diferite vizite de lucru pe șantier, alături de părinții mănăstirii. Iată ce gânduri îl însuflețeau la una dintre aceste vizite, cea din martie 1987: „Mânat de grija terminării «Casei Domnești» a nemuritorului Voievod Mușatin Ștefan cel Mare, am poposit astăzi, 5 martie 1987, la această ctitorie, împreună cu arhitecții proiectanți, Ștefan Balș și Gil Antonescu, și cu alți specialiști, analizând la fața locului încăpere cu încăpere. Cu genunchii inimii plecați, mulțumesc Celui Atotputernic că, pe lângă celelalte lucrări, ca zidurile din incintă, terminarea, pictarea și întregirea paraclisului, drumul de strajă, arhondaricul, avem terminată istorica locuință voievodală, așezată pe osemintele unor strămoși pe care le-am văzut când s-au făcut săpături arheologice, mărturii grăitoare ale începutului și dăinuirii acestui Lăcaș de veșnică odihnă și pomenire a celui care a fost ctitor de țară și de cultură românească, Ștefan cel Mare și Sfânt”.

Pe 15 august 1988, Casa domnească a fost sfințită. Cu această ocazie, adresându-se monahilor, le-a cerut să ocrotească bunurile de patrimoniu de aici, biserica, clădirile din jurul mănăstirii și valorile liturgice păstrate de veacuri, care pun în lumină ceea ce au simțit și au gândit înaintașii noștri.

În 1992, ca Patriarh al României, a prezidat Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române care hotărât canonizarea Sfântului Ștefan cel Mare în 21 iunie, și a proclamat solemn canonizarea la Mănăstire Putna, pe 2 iulie 1992. Iată ce spunea Preafericitul Părinte Patriarh Teoctist despre Binecredinciosul Voievod Ștefan cel Mare și Sfânt: „În Bucovina îl aveți pe Ștefan cel Mare, îl avem mai bine-zis toți, toată suflarea românească și toți românii de pretutindeni îl au acum pe Sfântul Ștefan. Așa cum a arătat sfințitul Mitropolit, a săvârșit atâtea fapte bune, atâta credință pilduitoare ne-a dat nouă…Este unul din cei mai mari voievozi ai țării și ai Europei, pentru că cronicarii vestiți au scris despre Ștefan cel Mare chiar în vremea sa, ca fiind unul dintre cei mai curajoși, dintre cei mai viteji, dintre cei mai înțelepți. Însuși Papa Sixt al IV-lea l-a numit atletul creștinătății. Am putea spune astăzi că, cu atâtea secole mai înaintea văzut în Ștefan cel Mare puterea aceasta de scânteie, de l-a numit adeptul creștinătății, pentru că apăra creștinătatea.  Să învățăm, iubiților, din ziua de astăzi, să nu o  trecem cu vederea pentru că este unică, ce vedem noi acum este puțin, față de frumusețile pe care trebuie să le vedem cu ochii credinței noastre, să căutăm în puterea noastră, pentru că fiecare din noi purtăm chipul lui Dumnezeu, fiecare din noi suntem hărăziți să fim în slava Bisericii, în lumina lui Hristos, nu pradă păcatului, nu pradă degradării, nu pradă răului și urii, ci avem menirea noi, cei botezați, noi cei care suntem strănepoții lui Ștefan cel Mare, să îi urmăm pilda de credință, să găsim în noi porțile sufletului, porțile Sfintei Evanghelii și să le dăm viață prin faptele noastre creștinești, prin faptele noastre bune”.

Ultima vizită la Putna a Patriarhului Teoctist avut loc în 2 iulie 2004, cu prilejul Marii Sărbători de împlinire a 500 de ani de la trecerea la cele veșnice a Sfântului Ștefan, când avea să declare următoarele: „Putna a salvat hotarele țării, cu mormântul de aici. Știți și trebuie să știți, trebuie să știe elevii și tinerii studenți, ai căror înaintași veneau cu curaj la chemarea lui Eminescu la Putna, al căror curaj deschideau și biruiau toate opreliștile în deceniile de dictatură comuniste în care nu era voie să mai circule autobuzele către monumentele istorice, mai ales cele din Bucovina și Neamț. Pe toți i-a însuflețit Ștefan cel Mare. Pe tineri, pe ostași, pe țărani; mai ales pe ei, talpa țării, i-a ocrotit și a avut grijă de ei. Și aceștia au întreținut flacăra credinței vie, aici la mormântul lui Ștefan cel Mare, și au atras atenția pentru a trece în rândul sfinților pe marele nostru domnitor Ștefan cel Mare, deschizând astfel drumul canonizării lui de către sfânta noastră Biserică strămoșească”.

La sfârșitul participării la sărbătoare a însemnat în Cartea de onoare cuvintele testamentare ale dragostei sale pentru Putna și a activității ctitoricești de aici: „Ducem în inimă și în suflet icoana Ortodoxiei pe care am văzut-o la Sfânta Mănăstire Putna”. (Mănăstirea Putna)