Așezată pe un deal ce domină valea râului Nicolina și cartierul Nicolina și de unde se poate vedea o frumoasa panoramă a orașului, Mănăstirea Cetățuia domină peisajul prin silueta sa zveltă, străjuită de un turn impozant și împrejmuită cu un zid de piatră măcinat de vreme. 

Ctitorul Mănăstirii Cetățuia este Domnul Gheorghe Duca. Zidirea s-a început în anul 1669 și s-a finalizat în 1672. Inscripția în limba greacă, aflată deasupra intrării în pronaos, spune: „S-a ridicat acest dumnezeiesc locaș, cu hramul sfinților vestiți și pretutindeni lăudați și înaintemergători Apostoli Petru și Pavel de către iubitorul de Dumnezeu și strălucitul Domn Io Duca Voievod al întregii Moldove, spre mântuirea sufletului său, fiind patriarh al sfintei cetăți a Ierusalimului Domn Domn Dositei și păstorind Preasfințitul Mitropolit al Moldo-Vlahiei Domn Domn Dosoftei, în anul de la zidirea lumii 7180, iar al întrupării 1672”. 

Uimit de măreția construcției, sultanul Mehmed al IV-lea, la 10 iunie 1672, aflat în campania împotriva Poloniei, prevestea ruinarea iminentă a Cetățuii. Însă cuvintele sale nu s-au împlinit, deși de-a lungul anilor mănăstirea a avut de înfruntat multiple vitregii. 

Sub raport arhitectural, Cetățuia este o copie sobră a Trei Ierarhilor, ctitoria domnului Vasile Lupu de la 1639. Pictura de la Cetățuia este o creație artistică deosebită, având ca autori pe Mihai, Gheorghe și Dima din Ianina, alături de pictori autohtoni care lucraseră la Trei Ierarhi. Este ultimul mare ansamblu de pictură murală din Moldova în linia tradițiilor postbizantine. 

Mănăstirea Cetățuia a jucat și un deosebit rol cultural. Aici s-a înființat, în 1682, o tipografie, unde s-au tipărit cărți grecești pentru Orientul ortodox, tiparnița fiind în acea vreme singura de acest fel din întreg Răsăritul. Gheorghe Duca pune la dispoziție mijloacele financiare, astfel încât delegația Patriarhiei de Ierusalim aducea materialele tipografice la Iași de la Veneția. Organizarea tipografiei, prima din această regiune a Europei cu o asemenea misiune, a fost încredințată unor călugări români cunoscători ai limbii grecești, în frunte cu ieromonahul Mitrofan, ajuns apoi episcop de Huși. În mediul cultural bisericesc de la Cetățuia au activat: patriarhul Dositei al Ierusalimului precum și alți cunoscuți cărturari greci din vremea respectivă (Nicolaos Kerameos, Ieremia Cacavelas, Ioan Comnen, Chesarie Daponte) . Multe din textele grecești tipărite aici au intrat în celebra Patrologie J. P. Migne. Pe latura sudică a incintei se află clădirea cu sala gotică „Anastasia Doamna”, cu pivnițe în care se păstrează vinul obținut în podgoria mănăstirii. 

Biserica a fost înconjurată de la început de ziduri înalte de piatră, cu metereze și drum de strajă, turn de intrare și turnuri de colț. În incinta mănăstirii s-au mai construit chilii, baie, bucătărie, pivnițe și stăreție cu trapeză. 

Unicitatea Cetățuiei constă în aceea că aici s-a păstrat întregul ansamblu de arhitectură monastică. Un loc aparte îl ocupă palatul rezervat găzduirii domnului, clădire fortificată, specifică sec. al XVII-lea. Bucătăria (cuhnea) sau, după unele opinii, baia turcească, este singura construcție de acest fel care ni s-a păstrat într-un ansamblu mănăstiresc. 

Turnul clopotniță și masivitatea zidurilor dovedesc că mănăstirea a fost gândită și ca loc de refugiu și rezistență armată, în caz de nevoie, fiind cu adevărat o „cetățuie”. 

Biserica mănăstirii este o biserică specifică arhitecturii religioase din Moldova secolului al XVII-lea, fiind totuși o sinteză originală a unor elemente arhitectonice disparate. Din nefericire numai o parte din ea ni s-a păstrat fără modificări (cum ar fi frescele reprezentând Arborele lui Iesei, Judecata din urmă) . Pe peretele vestic al pronaosului se poate vedea și astăzi tabloul votiv, reprezentând familia Domnului Gheorghe Duca. 

Biserica adăpostește mormântul ctitorului, al fiicei acestuia, Doamna Maria, al fratelui Domnitorului, Saul, și al fiului său, Ioniță. 

Epocile de slujire și cultură ale Cetățuii sunt bine reflectate în Muzeul mănăstirii, care poate fi vizitat de pelerini. O superbă panoramă a Iașilor se poate admira din turnul „Cina Pelerinului”, aflat în clădirea stăreției. 

Astăzi, ca și în veacurile anterioare, Mănăstirea Cetățuia, păzită de Dumnezeu, acolo, pe culmea de la miazăzi a Iașului, veghează cu aceeași putere a credinței neschimbate și a rugăciunii.