S-a născut la 16 aprilie 1822 în orașul Suceava în familia marelui logofăt Scarlat Miclescu și al soției acestuia Maria (născută Beldiman), primind la botez numele Constantin. În formarea sa a fost îndrumat de fratele tatălui său, episcopul de Huși Sofronie Miclescu, ajuns între anii 1851-1860 mitropolit al Moldovei. Tânărul Constantin a intrat în monahism primind schima la 18 iunie 1842. La 23 aprilie 1843 a fost hirotonit diacon, iar la 31 noiembrie 1848 ieromonah. La scurt timp a fost ridicat la rangul de arhimandrit, iar în 1851 a fost numit egumen al Mănăstirii Slatina. În anul 1855, la 2 februarie, a fost hirotonit arhiereu cu titlul „Hariopoleos”. Peste 3 ani, în 1858, a fost numit locotenent de episcop al Episcopiei Hușilor. Nu a slujit mult în această calitate, căci în decembrie 1860 a demisionat și s-a retras ca egumen la Mănăstirea Slatina. De aici, domnul Alexandru Ioan Cuza l-a chemat în anul 1863 la Iași, unde i-a încredințat locotenența Mitropoliei Moldovei și Sucevei. La 10 mai 1865, Calinic Miclescu a fost numit mitropolit, păstorind Moldova timp de 10 ani, până la 31 mai 1875 când a fost ales Arhiepiscop al Ungrovlahiei și Mitropolit Primat al României.

Noul ierarh era familiar cu mediul duhovnicesc, cultural și politic din Iași încă din perioada când a păstorit aici unchiul său. În calitatea sa locțiitor de episcop de Huși și ca delegat al mitropolitului Sofronie Miclescu, Calinic Miclescu a participat activ la evenimentele ce au avut loc în capitala Moldovei în preajma unirii Principatelor. Despre aceste momente și despre experiența pe care o avea la urcarea sa în scaunul mitropolitan avea să-și amintească în testamentul său, ca răspuns la întrebările „Ce am fost? Ce am făcut pe acest pământ? Ce răspundere o să am înaintea judecății desăvârșite?”: „Născut și crescut în zilele și cu tradițiunile celor de vecinică și fericită pomenire mitropoliți Veniamin Costachi, Meletie și Sofronie, unchiul meu, Dumnezeu m-a învrednicit de am urcat toate treptele ierarhiei clericale, până la scaunul de Mitropolit Primat al României. (…) De câte ori mi s-a prezentat ocazia, am crezut de a mea datorie a lua parte și a lucra cât puterile mi-au permis, la evenimentele și la faptele săvârșite în țara mea, în cursul celor 50 ani din urmă. Dacă rezultatele n-au corespuns totdeauna dorințelor mele, dacă aprecierile mele m-au indus cumva în eroare, compatrioții mei cei nepărtinitori pe de o parte, nu vor uita greutățile, cu care am avut a lupta, și, pe de altă parte, vor ține seamă de neputința în genere a firii omenești de a face lucruri perfecte și complete, și în particular de slăbiciunea însușirilor mele; însă martor îmi este Domnul, că dorul binelui nu mi-a lipsit niciodată și că în toate împrejurările am avut în vedere interesul înalt al țării mele. Am avut fericirea de a vedea unirea celor două Principate, a căror organizare politică ținea separat ceea ce providența dumnezeiască făcuse spre a fi unit și nedespărțit (…).”