Printre cele mai valoroase obiecte aflate în muzeul Mănăstirii Putna se află Tetraevangheliarul de la Humor (1473), o cruce cu trei braţe (datată 1503, cea mai veche de pe teritoriul României), sculptată în lemn, şi o cădelniţă, confecţionată din argint aurit, dăruită mitropolitului Teoctist în semn de mulţumire după ce înaltul ierarh l-a uns domn pe Ştefan cel Mare. De asemenea, aici se poate admira celebrul Acoperământ de mormânt al Mariei de Mangop, care este o broderie de o mare valoare, datând de la 1477, lucrată cu fir de aur, argint şi mătase colorată pe un fond de atlaz roşu. Din epoca lui Ştefan cel Mare se mai află în patrimoniul Putnei şi cădelniţa de la 1470, dăruită de el însuşi mănăstirii, o ferecătură din 1487 a Evangheliarului de la Humor, cu un portret al domnitorului, o ferecătură din 1488 a craniului Sfântului Ghenadie, precum şi o minunată ripidă aurită, dăruită tot de domnitor, în 1497.