Muzeul Mitropolitan este localizat în demisolul Catedralei Mitropolitane. O trăsătură distinctă a spațiului este autonomia sălilor, ce comunică prin culoare. Sala Baptisteriul este organizată în jurul bazinului pentru botezul adulților, care dă și numele sălii. Pe bolta acestei săli este reprezentat Botezul Domnului. Este ilustrată iconografic și jertfa pe Cruce a Mântuitorului. Tema botezului, așa cum au abordat-o sfinții Părinți, este aprofundată în pictura murală a Baptisteriului. Astfel, este prezentat și botezul sângelui, mucenicia, prin iconografia sfinților mucenici ai Bisericii universale și naționale. Este prezentat și botezul lacrimilor, pocăința, practicată de atâția cuvioși și mari sfinți ai pustiei. În Sala Eclesia apar alte trei registre: la intrare Nunta din Cana Galileii, spre Altar Tronul Hetimasiei și criteriile Judecății de Apoi, iar în Altar Maica Domnului Oranta și Împărtășirea Arhierească.