Sfântul Voievod Ştefan cel Mare a fost cel mai important protector al Mănăstirii Zografu din Sfântul Munte Athos, refăcând-o aproape integral între anii 1466-1502. De aceea, călugărul Isaia de la Hilandar a spus în 1489 că Mănăstirea Zografu a fost rectitorită de Ştefan cel Mare. La 19 mai 1466, printr-un hrisov de danie, Ştefan cel Mare statorniceşte suma de 100 de ducaţi ungureşti, anual, cerând în schimb să fie pomenit la Sfânta Liturghie, împreună cu familia sa. Un al doilea hrisov de danie este datat la 13 septembrie 1471. Prin acesta, Ştefan cel Mare acordă acestei aşezări monahale un venit de 500 de aspri pentru bolniţă. În anul 1475 rezideşte arsenalul de pe ţărmul de sud-vest pentru ca în 1495 să refacă chiliile, trapeza şi zidul din incintă. În 1502, biserica mare este rezidită şi pictată în frescă. Ştefan cel Mare a oferit de asemenea un număr mare de obiecte de cult din aur şi argint. Printre ultimele danii făcute Mănăstirii Zografu se numără şi steagul descris pentru prima dată de Teodor T. Burada în 1883, care se află astăzi în patrimoniul Muzeului Naţional de Istorie a României. Broderia şi inscripţia celui de-al doilea steag, despre care se spune că a fost dăruit tot de Ştefan cel Mare, duc spre concluzia că este o piesă de factură rusă. La restaurările din sec. al XIX-lea, fresca originală a Mănăstirii Zografu s-a pierdut, actuala pictură datând din sec. al XVII-lea. Ştefan cel Mare este pictat în pridvor în şirul ctitorilor, la stânga împăraţilor bizantini ai Serbiei, între Alexandru Lăpuşneanu şi Vasile Lupu. Un al doilea portret al lui Ştefan cel Mare, care se află în pronaosul mănăstirii, se încadrează stilului picturii secolului al XVIII-lea şi poartă inscripţia: „Chipul lui Ştefan cel Mare, care a înfiinţat Sfânta Mănăstire Zografu şi ctitor al mănăstirilor Dobrovăţ şi Căpriana“. (C. Ciofu)