Un important aspect din multipla activitate desfăşurată de marele domnitor, care trebuie să fie pus în lumină, este cel de ctitor de lăcaşuri sfinte. Principalele mănăstiri ridicate de înaintaşii săi în scaun (Probota, Moldoviţa, Bistriţa, Humor, Bohotin, Chiprieni ş.a.) şi-au continuat existenţa, primind felurite danii din partea lui Ştefan.

Dar numărul lăcaşurilor de închinare a sporit prin mănăstirile, schiturile şi bisericile de mir ridicate de Ştefan însuşi sau de unii dintre dregătorii săi. La multe din ctitoriile înaintaşilor săi a ridicat construcţii noi ori a refăcut pe cele existente. De pildă, la mănăstirea Neamţ a ridicat din temelie o biserică nouă cu hramul Înălţarea Domnului, existentă şi astăzi, isprăvită la 14 noiembrie 1497. La Bistriţa a zidit o clopotniţă cu paraclis, care, de asemenea, dăinuieşte până în zilele noastre, în ultimii ani de domnie a înălţat o biserică nouă la mănăstirea Dobrovăţ. Toate trei au fost înzestrate cu o serie de danii: moşii, mori, iazuri cu peşte, prisăci ş.a. O altă categorie de lăcaşuri de închinare sunt cele ridicate din temelie de el însuşi, deci mănăstiri şi biserici noi. Pe primul loc se situează mănăstirea Putna, cu hramul Adormirea Maicii Domnului. Lucrările de construcţie au început în iulie 1466 şi au durat până la 3 septembrie 1470, când a fost sfinţită de un sobor de 64 de arhierei, preoţi şi diaconi, în frunte cu mitropolitul Teoctist şi episcopul Tarasie al Romanului, după cum relatează Letopiseţul de la Putna. A fost înzestrată de ctitor cu numeroase bunuri materiale, veşminte preoţeşti, vase liturgice şi cărţi de slujbă.

O altă ctitorie a lui Ştefan este Voroneţul, ridicată pe locul unui schit din lemn, în care, potrivit tradiţiei, ar fi trăit Daniil Sihastrul, de la care domnitorul a primit sfat şi cuvânt de mângâiere în ceas de grea cumpănă în timpul luptelor pentru apărarea pământului strămoşesc. Biserica - cu hramul Sfântul Gheorghe - a fost ridicată în mai puţin de patru luni, din 26 mai până în 14 septembrie 1488. Ea şi-a câştigat un renume deosebit în lumea întreagă pentru picturile sale exterioare, realizate în jurul anului 1547, sub îndrumarea mitropoliţilor Teofan I şi Grigorie Roşca. Tot lui Ştefan cel Mare îi aparţin mănăstirile Tazlău, în părţile Buhuşilor şi Sfântul Ilie de lângă Suceava (azi, în acest oraş), ambele devenite cu timpul biserici parohiale. Numărul bisericilor de mir ctitorite de Ştefan este mult mai mare decât al mănăstirilor. Unele din ele au fost ridicate în amintirea unor biruinţe după marile lupte cu turcii.

Unele din bisericile lui Ştefan cel Mare au fost împodobite cu picturi. De pildă, biserica din Pătrăuţi, cu un frumos ansamblu pictural, în care se distinge tabloul votiv al ctitorului şi al familiei; picturile din altarul şi naosul bisericii de la Voroneţ, cele de la Sfântul Ilie-Suceava, Sfântul Nicolae din Popăuţi sau Sfântul Nicolae din Bălineşti, ctitoria lui Ion Tăutu. La cea din urmă se cunoaşte şi numele pictorului: ieromonahul Gavriil, considerat unul din cei mai mari artişti români din toate timpurile. Cronicarul Ion Neculce, în lucrarea sa „O samă de cuvinte” scria că şi mănăstirea Putna a fost zugrăvită „şi pe dinlăuntru şi pre dinafară” dar pictura iniţială n-a ajuns până la noi. Domnul moldovean a venit şi în sprijinul unor aşezăminte bisericeşti căzute sub dominaţie turcească. Cu ajutorul lui, a fost refăcută mănăstirea Zografu din Muntele Athos; tot acolo a ridicat o bolniţă, mai târziu un turn pentru corăbii (cu o pisanie care consemna numele său), o trapeză, iar în ultimii ani de domnie a refăcut întreaga mănăstire şi a zugrăvit biserica mare. Aceleiaşi mănăstiri i-a dăruit un Apostol, un Tetraevanghel și o icoană a Sfântului Gheorghe. Daniile hărăzite acestei mănăstiri erau atât de însemnate, încât călugării de acolo îl considerau drept ctitorul ei. Alte ajutoare a acordat mănăstirilor atonite Vatoped, Sfântul Pavel, Constamonit şi Grigoriu; cea din urmă a fost refăcută „din temelii” cu sprijinul său, întrucât fusese distrusă şi jefuită de piraţi. Toate acestea păstrează hrisoave de danie şi unele obiecte de cult de la „binecinstitorul şi de Hristos iubitorul” domn moldovean.

(Pr. prof. Mircea Păcurariu, Sfinţi Daco-Români şi Români, Editura Trinitas, Iaşi, 1994, p. 81)