Capela Seminarului din Iași este principalul laborator duhovnicesc al școlii. Aici se desfășoară în primul rând activitățile spirituale ale elevilor, dar și activități de practică liturgică, întâlniri duhovnicești, spovedania, și altele. Ea a fost gândită dintru început ca făcând corp comun cu școala și cu celelalte părți ale acesteia, arătând că de fapt în această instituție toate dimensiunile activității ei trebuie înduhovnicite.