Cuviosul Filothei s-a născut în Elateia. Fugind de turci, părinţii săi s-au mutat în cetatea Hrisopolis din Macedonia, unde după scurt timp tatăl său muri. Turcii l-au luat pe prunc de la maica lui şi l-au aruncat în temniţă, împreună cu unul dintre fraţii lui. Însă, prin minune, Preasfânta Născătoare de Dumnezeu l-a salvat din acea temniţă şi l-a adus la o mănăstire din Asia Mică, aflată în cetatea Neapolis.

Între timp, mama lor, Evdochia, prin providenţa divină a ajuns şi ea la o mănăstire de maici în acelaşi oraş, multă vreme neştiind nimic de soarta copiilor ei. Vizitând o mănăstire de călugări cu ocazia hramului bisericii, împreună cu alte măicuţe, Evdochia şi-a recunoscut fiii. Întrebaţi cum au scăpat de turci, ei au răspuns că ea trebuia să ştie mai bine pentru că ea însăşi i-a salvat atunci din închisoare. Atunci Evdochia a înţeles intervenţia divină care s-a petrecut din partea Maicii Domnului, pentru că ei i s-a rugat femeia pentru a găsi mângâiere. Fraţii călugări auzind povestea celor trei, s-au adunat în jurul lor dând slavă lui Dumnezeu pentru minunea întâmplată.

După moartea mamei, Cuviosul Filothei s-a dus la Sfântul Munte Athos, unde a petrecut întru nevoinţe aspre la Sfânta Mănăstire Dionisiu, iar mai apoi, în pustie. El a fost nevoitor minunat, având stăpânire mare asupra duhurilor diavoleşti.

S-a odihnit cu pace la vârsta de optzeci şi patru de ani. Înainte de trecerea la Domnul i-a rugat pe fraţi ca trupul său să nu se îngroape în pământ, ci să fie aruncat în pădure şi lăsat pradă păsărilor şi fiarelor sălbatice.

Dar Dumnezeu a făcut ca moaştele rămase să fie minunat luminate, astfel încât un pescar a văzut lumină mare în pădure într-o noapte geroasă, şi s-a dus într-acolo, gândind că este un foc la care s-ar putea încălzi. Lumina însă nu venea de la vreun foc, ci de la sfintele moaşte făcătoare de minuni ale Sfântului Filothei.