Sfântul Martir Pafnutie a fost chemat din Egipt și s-a nevoit în desert. În timpul persecuțiilor lui Dioclețian (284-305), guvernatorul Adrian a poruncit ca Sfântul Pafnutie să îi fie adus înainte. Sfântul neașteptând după aceștia ce au fost trimis să îl aducă, s-a înfățișat înaintea guvernatorului pentru a mărturisi pe Hristos și pentru a primi muceniceștile cazne.

Dintre soldații care l-au pus la cazne, Dionisie și Callimachi, văzând puterea cu care Dumnezeu îl ținea pe mucenic neatins au crezut în Hristos Mântuitorul ei înșiși, faptă pentru care le-au fost tăiate capetele. După aceste cazne Sfântul Pafnutie a fost aruncat în închisoare unde dintre cei închiși aduce la Hristos un număr de 40, aceștia fiind și ei martirizați prin arderea cea de vii.

După o vreme, Sfântul Pafnutie a fost lăsat liber, nevătămat arătându-se prin grija lui Hristos, iar un creștin pe nume Nestorie l-a primit pe dânsul la sine. Acesta, împreună cu familia sa, primind îndrumarea cea duhovnicească a sfântului, au ajuns în curând dintre cei mai râvnitori în credință, iar până într-un sfârșit au primit moartea cea mucenicească. Sfântul a fost sfătuitor și a întărit în credință mulți alți creștini pentru a-L mărturisi pe Hristos și pentru a primi de Dumnezeu binecuvântatele cazne. Unii au fost tăiați cu săbiile alții arși de vii, 546 a fost numărul acestora.

Sfântul însuși a fost aruncat de călăi într-un râu cu o piatră atârnată de gât, dar minune s-a arătat plutind acesta la mal cu piatra. Până în sfârșit l-au trimis pe sfântul mucenic înaintea lui Dioclețian însuși, împăratul ordonând ca sfântul să fie răstignit într-un smochin.