Spre sfârşitul secolului al XVI-lea şi începutul celui de al XVII-lea, în mănăstire a funcţionat un atelier de copiere a manuscriselor (scriptorium). Se păstrează aici în jur de 1100 de manuscrise, pergamente sul şi codici. Dintre acestea, 148 sunt pergamente, iar celelalte din mătase şi hârtie.

Manuscrisul Evanghelia împărătească (Codicele 587 din secolul al XI-lea), cu 80 de miniaturi, este legat în lemn îmbrăcat în argint aurit şi are diferite reprezentări pe ea. Puţin mai vechi este Tetraevangheliarul (Codicele 588, sfârşitul secolului al X-lea) legat în argint aurit, având reprezentate pe coperţi Învierea şi Răstignirea Domnului (1665).

Arhiva mănăstirii păstrează printre altele hrisovul de ctitorire al împăratului Alexie al III-lea Comnenul (1374-1375), hrisoavele lui Ioan al VI-lea Cantacuzino (1347), a lui Ioan al V-lea Paleologul (1408) şi un hrisov cernit (1570), scris în româneşte cu semnătura voievodului Alexandru Lăpuşneanu şi a doamnei Ruxandra.

(Foto) Acasă la Sfântul Nifon al Constantinopolului – Mănăstirea Dionisiu, Athos