Sfântul Nifon s-a născut în Grecia, în secolul al XV-lea. El a fost tuns monah încă din tinereţile lui, vieţuind întru toate sfintele nevoinţe, până când în cele din urmă a ajuns la Sfântul Munte Athos pe care mult l-a dorit. El s-a nevoit în mai multe mănăstiri din Sfântul Munte, dar cel mai mult, în Mănăstirile Vatoped şi Dionisiu. El a fost foarte iubit de toţi Părinţii Athoniţi, atât pentru virtuţile lui rare, cât şi pentru neobişnuita şi marea lui blândeţe. El a fost sfinţit episcop al Tesalonicului în pofida voinţei lui, iar apoi, doi ani mai târziu, pe când s-a aflat la Constantinopol pentru nevoi ale eparhiei, a fost înscăunat acolo Patriarh al Slăvitei Cetăţi, care nu avea întâistătător. După un timp sultanul turcesc l-a surghiunit pe Sfântul Nifon la Jedrene, unde el a vieţuit ceva timp. Apoi Radu, domnitorul Ţării Româneşti, l-a cerut pe Sfântul Nifon de la sultan, spre a-l avea păstor, poporului din ţara lui.

Sfântul Nifon a intrat în conflict cu domnitorul care, încălcând pravilele şi canoanele, cununase pe domniţa Caplea, sora sa, cu un boier care era căsătorit şi avea copii în Moldova. Sfântul Nifon nu a îngăduit aceasta şi a fost alungat de domnitor din scaunul mitropolitan. Afurisind pe călcătorii de lege, sfântul s-a retras o vreme într-un colţ de ţară, unde s-a îngrijit de el fiul său duhovnicesc, tânărul Neagoe Basarab, cel care avea să ajungă domn al Ţării Romaneşti. Mai apoi, bătrânul ierarh s-a întors în Sfântul Munte, la Mănăstirea Dionisiu.

După plecarea Sfântului Nifon din Țara Românească, au început mari tulburări și necazuri, după proorocia Sfântului. Domnul Radu s-a îmbolnăvit de o boală nevindecabilă și i s-a găurit tot trupul. Atunci a trimis să-l caute pe Sfântul Nifon, dar l-au aflat trecut la cele veșnice. Radu a murit în chinuri și a fost îngropat la Mănăstirea Dealu, ctitoria sa. După îngropare, trei zile și trei nopți i s-a cutremurat mormântul (precum oarecând împărătesei Eudoxia, prigonitoarea Sfântului Ioan Gură de Aur). Atunci, frică mare a cuprins pe tot poporul și ziceau că pentru izgonirea Sfântului Nifon s-au întâmplat toate acestea.

Ajungând domnitor, Sfântul Neagoe Basarab a trimis la Sfântul Munte Athos o delegaţie ca să aducă în Ţara Româneasca moaştele Sfântului Nifon „ca să curăţeasca greşeala Radului şi a altora, care făcuseră rău sfinţiei sale”.

Dezgropând trupul Sfântului Nifon şi aşezându-l în coşciug de lemn, delegaţia trimisă de Neagoe Basarab, împreună cu câţiva călugări din Mănăstirea Dionisiu şi cu mitropolitul Neofit de Anchialos, l-au adus în Ţara Românească, unde l-au dus cu alai mare la Mănăstirea Dealu şi l-au aşezat deasupra mormântului lui Radu cel Mare. În tot timpul nopţii, în Mănăstirea Dealu s-au făcut rugăciuni pentru iertarea păcatelor domnitorului Radu cel Mare.

În timpul Privegherii, ațipind domnitorul puțin, din cauza ostenelii, a văzut în vedenie că s-a deschis mormântul lui Radu și se vedea trupul lui negru și rău mirositor, curgând din el puroi și putreziciune. Neputând domnitorul să sufere acea priveliște, s-a rugat Sfântului să-și facă milă de nefericitul Radu. Deodată, vede o apă curată ieșind din racla Sfântului Nifon și pe Sfânt, care spăla trupul lui Radu. După spălare, Radu a devenit frumos și strălucit. Apoi l-a închis din nou în mormânt și venind spre Neagoe, i-a zis: „Iată, fiule, că am ascultat rugăciunea ta. Îți mai poruncesc să ai pace întotdeauna cu poporul tău, iar moaștele mele să le trimiți din nou la mănăstirea mea, pentru mângâierea fraților ce viețuiesc acolo”. Acestea spunând, a intrat iarăși în raclă. Deșteptându-se domnitorul Neagoe, a dat slavă lui Dumnezeu și Sfântului Nifon.

Apoi, cu voia părinților de la Dionisiu care însoțeau moaștele, a oprit capul și mâna Sfântului Nifon și a dat în locul acestora mâna dreaptă a Sfântului Ioan Botezătorul, îmbrăcată în aur foarte frumos lucrat. Restul moaștelor Sfântului le-a pus într-o raclă de argint poleită cu aur şi înfrumuseţată cu pietre scumpe şi cu smalţ. Pe interiorul capacului este pictată icoana Sfântului Nifon, alături de voievodul Neagoe Basarab, care ia binecuvântare de la el. Pe o fâşie îngustă sta încrustat în greceşte: „Această cinstită şi sfântă raclă este a Prea Sfinţitului Arhiepiscop al Constantinopolei, Romei celei noi şi patriarh ecumenic chir Nifon. S-a pus la cale şi s-a săvârşit întru Hristos Dumnezeu, de către prea credinciosul şi iubitorul de Hristos Domn Neagoe. Patriarhul a adormit acolo în venerată şi sfânta mănăstire a cinstitului Înainte Mergător şi Botezător Ioan, la anii 7023 (1515)”. Apoi a trimis racla cu Sfintele Moaşte la Dionisiu.

Capul şi o mână din Moaştele Sfântului Nifon au fost aşezate în Mănăstirea zidită de Neagoe Basarab la Curtea de Argeş. În secolul al XVIII-lea, moaştele au fost ferecate în argint.

Din porunca Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române, la 25 octombrie 1949, acestea au fost aduse la Catedrala Mitropolitană „Sfântul Dumitru” din Craiova. În anul 2009, printr-o nouă hotărâre a Sfântului Sinod, o parte din moaştele Sfântului Nifon au fost mutate la Catedrala din Târgovişte.