Intrarea în mănăstire se face prin partea de răsărit, printr-un coridor boltit deasupra căruia este pictată Naşterea Sfântului Ioan Botezătorul. Lângă poarta mănăstirii, pelerinul este întâmpinat de un mozaic reprezentându-i pe sfinţii ctitori: Sfântul Dionisie, Sfântul Nifon, Sfântul Neagoe Basarab şi Împăratul Alexie al III-lea Comnenul. După intrare, pe partea dreaptă, se află o cişmea (secolul al XIX-lea) cu o ornamentaţie clasicistă.

Incinta

Curtea este foarte îngustă şi din această pricină nu există agheasmatar, ca la celelalte mănăstiri athonite. În aripa de nord se află turnul de apărare (1520). Trapeza se află în aripa de sud, în faţa Katholikonului. În faţa trapezei se întinde un coridor acoperit, care este pictat cu diferite scene, printre care 21 de scene din Apocalipsă.

Paraclisele

Deasupra pronaosului bisericii centrale se află Paraclisele Cuviosului Dionisie (1960) şi al Sfinţilor Arhangheli. În mănăstire se mai află Paraclisele Sfinţilor Doctori fără de Argint, Ioan Teologul, Nicolae, Ioan Gură de Aur, Nifon, Gheorghe, Nectarie. Recent s-a construit Paraclisul Sfântului Nicodim Aghioritul. Lângă cărarea ce duce spre Mănăstirea Sfântul Pavel se află paraclisul cimitirului. În partea de miazăzi a bisericuţei se află mormântul Sfântului Nifon.

Kathismele

În afara mănăstirii se află de asemenea câteva kathisme: a Sfântului Nifon (lângă peştera sa), a Celor 12 Apostoli (pe malul opus al torentului), a Sfântului Iacob Fratele Domnului (la trei sferturi de oră de mers în susul râului), a Sfântului Onufrie (la o oră de mers în partea de nord-vest a mănăstirii) şi a Maicii Domnului (mai sus de cea de dinainte, vizavi de peştera unde s-a nevoit ctitorul mănăstirii, Cuviosul Dionisie).

Chilii şi metoace

În Kareia, la sud-est de Protaton, mănăstirea are vechiul conac închinat Naşterii Maicii Domnului, iar în apropierea drumului ce coboară spre Mănăstirea Iviron se află noul conac închinat Sfântului Arhidiacon Ştefan. Tot de mănăstire aparţine şi chilia Intrării în Biserică a Maicii Domnului, respectiv a Sfântului Nicolae Psoraréas, care se află în spatele Schitului Sfântul Andrei, pe valea Adin.

Mănăstirea are în proprietate un metoc la intrarea în Sfântul Munte, la Monoxilitis, dar şi alte metoace în Casandra, primul picior al peninsulei Halkidiki, în Zakintos, în insula Tasos, în Mitilini, în Sporadele de nord şi Ciclade. În Bulgaria a avut un metoc la Filipapolis, iar în România la Hotărani.