Pentru organizarea acestei școli, copiilor li s-au creat condiții de locuit. O regretabilă eroare a fost aceea că li s-au amenejat spații de locuit chiar în camerele din castel, astfel că, probabil fără intenția expresă a administratorilor, interiorul castelului s-a degradat continuu, ajungând într-o stare jalnică, încât era greu să-ți imaginezi că acolo au locuit oameni.

De asemenea, au fost amenajate o sală de mese și mai multe săli de cursuri, pentru ca acești copii să învețe carte. În acest scop, grajdul de animale a fost transformat în sală de mese, iar camerele de lângă sală, adică cele două camere ale servitorilor, atelierul de tâmplărie și camera vizitiilor (toate la parter, spre nord) au fost transformate în bucătărie. Manejul, șelăria și alte două camere de lângă manej (la etaj, spre est) au fost compartimentate, cu un hol comun, obținându-se astfel zece săli de clase.

Clădirile s-au degradat continuu

„Casa mică” a Ecaterinei, a fost folosită pentru cancelaria cadrelor didactice, secretariat, contabilitate, infirmerie, punct sanitar, camere de protocol și o cameră pentru directorul instituției. Camerele din casa de pe beci – fosta bucătărie, brutărie, spălătorie etc. au fost transformate în ateliere de lucrări practice pentru copii și magazii pentru depozitat alimente. Camerele în care erau amenajate garajul pentru trăsuri, droșcăria și uzina electrică au devenit camere de dușuri pentru copii, spălătorie, uscătorie, călcătorie și atelier mecanic pentru întreținere.

În toată această perioadă, clădirile s-au degradat continuu, dar cel care a avut de suferit cel mai mult a fost castelul, atât în exterior, dar mai ales în interior, distrugându-se picturile, sobele, pardoseala, tâmplăria și mansarda cu acoperișul, care în 1985 au ars în întregime. Tot în această perioadă s-a distrus, a fost furat sau s-a vândut tot mobilierul, care nu mai poate fi recuperat. Foarte grav este că nu s-a făcut nici o investiție pentru consolidarea și restaurarea acestor clădiri, astfel încât acum au fost necesare sume enorme (zeci de miliarde), pentru a pune în valoare din nou acest patrimoniu național.

Osemintele Ecaterinei, strămutate la Miclăușeni

Clădirea s-a degradat în timp, nemaifiind întreţinută. În plus, au fost ciopârţite uşile şi ferestrele, parchetul a fost scos, iar şemineurile sparte. În tot acest timp, biserica a redevenit parohie, preot slujitor fiind, din 1961 până în 1982, când trece la cele veșnice, ieromonahul Nicanor Racu. El se afla la Mănăstirea Cozancea, când maicile de la Miclăușeni au fost strămutate acolo, tot el fiind cel care a călugărit-o pe Ecaterina. Venind la Miclăușeni, a adus aici în 1970, lângă mormintele strămoșilor ei, osemintele Ecaterinei. După 1982 au fost mai mulți preoți parohi, slujitori la Miclăușeni până la reînființarea mănăstirii.