Prima biserică a vechiului schit a fost construită în 1729 de pustnicul Agafton, de la care vine şi numele mănăstirii. Schit pentru călugări, a devenit în 1740 mănăstire de maici. De-a lungul timpului, locul a atras numeroși pelerini, dar și oameni de seamă ai vremii, cum ar fi: Mihai Eminescu, Nicolae Iorga și George Enescu. Aici s-au călugărit și trei mătuși ale poetului Mihai Eminescu, una dintre ele, Olimpiada Iurașcu, fiind chiar stareță a mănăstirii. Din 2004 este înscrisă pe lista monumentelor istorice din județul Botoșani.