Începuturile acestei mănăstiri își au obârșia legată de întemeierea schitului românesc „Prodromul” din Sfântul Munte Athos în secolul al XIX-lea. În anul 1853, Ieroschimonahii Nifon și Nectarie, după ce au pus bazele întemeierii schitului athonit, au întemeiat la Bucium o mică sihăstrie cu rânduială de obște asemănătoare celeia din Sfântul Munte, scopul acesteia fiind atât duhovnicesc, cât și misionar filantropic, pentru ajutorarea călugărilor români aflați în Sfântul Munte.

Întemeierea schitului din Bucium a fost posibilă datorită donației făcute de Grigore Alexandru Ghica al II-lea, constituită din 3000 de galbeni și o suprafață de teren de 4,1 hectare. Prima bisericuță era încadrată într-o clădire patrulateră, nu avea turlă, având înfățișarea unui paraclis, care a fost sfințit în anul 1871. Acest așezământ monahal, numit până în anul 1918 „Metoc” sau „Conacul Bucium”, a dezvoltat în zona Iașului un centru de spiritualitate și liniște duhovnicească, fiind de-a lungul timpului și loc de tihnă pentru mitropoliții Moldovei. Schitul Bucium s-a dezvoltat considerabil după anul 1942, în urma cumpărării a 22 de hectare de teren de la Prințesa Ioana Rosetti Roznovanu, care includea și câteva construcții printre care „Palatul Roznovanu”, „Casa de oaspeți” și „Atelierul de olane și conducte din lut pentru aducțiuni”.

Între anii 1950-1977, în timpul arhipăstoririi mitropoliților Sebastian Rusan (1950-1956) și Iustin Moisescu (1957-1977) și în timpul vrednicului de pomenire stareț Hrisostom Apostolache, biserica schitului a fost extinsă și împodobită cu pictură de către pictorul Vasile Pascu, într-un stil tradițional autohton de inspirație bizantină, fiind resfințită în anul 1967, odată cu finalizarea picturii. Ridicarea schitului la rangul de mănăstire are loc în anul 1993, cu binecuvântarea Preafericitului Părinte Patriarh Daniel, pe atunci Mitropolit al Moldovei și Bucovinei, și prin hotărârea Sf. Sinod al Bisericii Ortodoxe Române. Astăzi, complexul monahal Bucium cuprinde: biserica, casa de oaspeți „Sf. Antipa de la Calapodești” (reședința mitropolitană), casa trapezar (care înglobează: atelierul de pictură bizantină „Sf. Ioan Damaschin” din anul 2005, chiliile călugărilor și stăreția), „Casa Roznovanu II” (chiliile călugărilor), depozitul de vinuri și atelierul de tâmplărie, acestea două din urmă fiind coordonate în mod direct de Centrul Eparhial Iași al Mitropoliei Moldovei și Bucovinei.