Pregătirea lucrărilor de întărire a zidurilor din afara orașului a avut ca rezultat dărâmarea anumitor case. Cum era de așteptat, din planul de demolare pe care l-au făcut meșterii venețieni, nu era posibil să fie excluse nici Bisericile. Astfel în jurul anului 1577 s-a dărâmat din temelie și Biserica Sfântului Spiridon Koukounaria, care era zidită aproape de cimitirul evreiesc și care adăpostise pentru câțiva ani preasfintele moaște ale Sfântului. În acea Biserică, ale cărei urme astăzi s-au pierdut, Sfântul Spiridon a făcut în Corfu prima lui minune, dând lumina ochilor orbului Theodor. Pentru mulți ani locul acela a constituit un adevărat loc de pelerinaj. Trecătorii care treceau pe acolo își făceau cruce și toți vorbeau despre străina minune a Protectorului lor făcător de minuni.