Acesta, fiind preot, era purtătorul de răspunsuri al Bisericii Alexandriei. A fost hirotonit arhiepiscop al Constantinopolului în vremea lui Teodosie cel Mic, pentru că rătăcitul Dioscor avea nădejde să-i fie ajutător în erezia sa. Dar nimic n-a reușit acela cu meșteșugirile sale, căci, fericitul Anatolie l-a caterisit la Sinodul al IV-lea a toată lumea de la Calcedon din anul 451 și a pus în diptice numele Sfântului Flavian, care fusese caterisit de Dioscor și de tâlhărescul lui sinod. Apoi a trimis Sfântul Anatolie epistole episcopilor, îndemnându-i să-i anatematizeze pe începătorii eresurilor, adică pe Nestorie, Eutihie și Dioscor.

Sfântul Anatolie a urmat Sfântului Flavian și, păstorind Biserica cu dreaptă credință opt ani, s-a mutat la Domnul, lăsând în locul său pe Sfântul Ghenadie.