Încă din secolul al V-lea aici exista o biserică închinată Înaintemergătorului cu un paraclis închinat Sfintei Maria Egipteanca. În ziua convertirii sale, Sfânta Cuvioasă Maria Egipteanca a plecat de la Ierusalim către Iordan unde s-a închinat în biserica Sfântul Ioan, apoi a mers în pustie unde şi-a petrecut restul vieţii.

Actuala mănăstire a fost construită în apropiere de cea veche la sfârşitul secolului al XIX-lea aşezământul.

În anul 2005, prin purtarea de grijă a mitropolitului Benedict al Filadelfiei, a fost construită o nouă biserică. Lăcaşul a fost pictat din daniile Patriarhiei Ierusalimului, iar cupolele şi crucea au fost aurite de meşterii ruşi. Au mai fost construite două paraclise, stăreţia, un sinodikon, o trapeză şi un arhondaric, iar noul corp de chilii se află în lucru.

În apropierea mănăstirii, se găsesc ruine ale bisericilor bizantine din secolele V-VI de la locul Botezului, precum şi ruine ale paraclisului ridicat pe locul unde Domnul şi-a scos hainele înainte de intrarea în apă. De-a lungul veacurilor, albia râului s-a schimbat de multe ori, iar astăzi aceste monumente se află la o anumită distanţă de Iordan.