Aşezământul monahal de aici a cunoscut o perioadă de linişte, dar mai apoi a avut parte şi de vremuri grele, de prădăciuni și jafuri ale turcilor şi tătarilor. Ciuma din anul 1738, precum şi neînţelegerile dintre urmaşii lui Cernica Ştirbei au dus la decăderea treptată a Cernicăi şi în cele din urmă la pustiirea ei.

La venirea Stareţului Gheorghe, în anul 1781, clădirea bisericii, veche de 173 de ani, avea zugrăveala deteriorată, însă păstra icoana făcătoare de minuni a Sfântului Ierarh Nicolae, care, după 16 ani, în 1797, a fost îmbrăcată în argint de către boierul Stancu Pătraşcu. Sfântul Gheorghe şi obştea sa au întrebuințat pentru sfintele slujbe vechea biserică a Sfântului Nicolae, dar aceasta a fost ruinată de un cutremur în anul 1802.

Actuala biserică a Sfântului Nicolae a fost construită de stareţul Timotei, iar lucrările au început în anul 1809 şi s-au încheiat în 1815. Biserica are ziduri de 1,8 metri grosime, o lungime de 43 de metri, 11 metri lățime și 15 metri înălțime.

După încheierea lucrărilor, biserica a mai rămas întreagă până la cutremurul din 1838, iar apoi, fiind avariată, a dăinuit până la cutremurul din 1940, când i s-au prăbuşit turlele, bolta şi acoperişul. În perioada 1965-1967, biserica a fost restaurată prin grija patriarhului Iustinian Marina. Pictura din această biserică are o valoare remarcabilă. Fresca a fost realizată de meşterul Fotache, iar iconostasul de Nicolae Polcovnicu.

În apropierea bisericii se află un stejar uriaş despre care se spune că ar avea peste 400 de ani şi ar fi fost martor la ctitorirea mănăstirii. Trunchiul lui poate fi cuprins cu braţele împrejur de şase sau şapte persoane voinice.

Între anii 2003-2018, biserica a trecut printr-un amplu proces de restaurare ce a cuprins refacerea pridvorului și a turlelor căzute la cutremurul din 1940, dar și alte lucrări de consolidare. A fost restaurată pictura existentă și a fost pictat noul pridvor. De asemenea, biserica a fost împodobită cu o nouă catapeteasmă și au fost montate sisteme noi de încălzire, sonorizare și iluminat arhitectural.

În ziua de 2 decembrie 2018 a avut loc slujba de resfințire săvârșită de Preafericitul Părinte Patriarh Daniel alături de un Arhiepiscopii Nifon al Târgoviștei și Calinic al Argeșului și Muscelului, Episcopul Mihail al Australiei și Noii Zeelande, Episcopii vicari patriarhali Varlaam Ploieșteanul și Ieronim Sinaitul, dar și Episcopul vicar al Arhiepiscopiei Bucureștilor, Timotei Prahoveanul.