Părintele Efrem Vatopedinul provine dintr-o familie cipriotă săracă, dar evlavioasă. S-a născut pe 5 iunie 1956 în localitatea Peristeronopighí din Cipru și a primit numele Vassilios. Părinții săi, Sotiris și Kyriaki Koutsou, au mai avut patru copii. A rămas orfan de copil, atunci când tatăl său a fost capturat de turci, în timpul invaziei. Fiind evlavios și iubind sfintele slujbe, după încheierea studiilor liceale, în 1974 a intrat la Facultatea de Teologie a Universităţii din Atena. A absolvit cu succes în 1978 şi s-a întors în Cipru unde, în 1979 a fost numit profesor la Şcoala Bisericească „Apostolul Varnava” din Nicosia.

Având contact strâns cu Biserica și viața monahală, în 1981 a hotărât să devină monah la Sfântul Munte, intrând în obştea lui Gheronda Iosif. Are binecuvântarea de a cunoaște de aproape Sfinți Bătrâni, precum Sfântul Efrem Katunakiotis și Sfântul Paisie Aghioritul. A fost hirotonit diacon în 1983 şi preoțit în 1984. În 1990, la numai 34 de ani, a devenit arhimandrit și stareț al Mănăstirii Vatoped din Muntele Athos. În iulie 2009, după plecarea la Domnul a părintelui său duhovnicesc – Gheronda Iosif Vatopedinul –, Părintele Efrem a devenit îndrumătorul duhovnicesc al monahilor din mănăstire.

În timp foarte scurt, Gheronda Efrem a reuşit să reaşeze din punct de vedere liturgic și tipiconal mănăstirea, să o restaureze în cea mai mare parte, să îi conserve vechile odoare şi să se îngrijească de întreaga ei zestre materială. Mănăstirea, care astăzi numără peste 110 monahi, a ajuns să fie cel mai mare așezământ de călugări din Grecia.