Destinaţia iniţială a aşezământului a fost aceea de mănăstire. Astfel, prin decretul din 12 iunie 1763, patriarhul Samoil al Constantinopolului ridica biserica la rangul de stavropighie, ieromonahul Sofronie fiind numit, în acelaşi an, arhiereu şi mitropolit al eparhiei Irinopoleos.

Afectată de cutremurul din 14 octombrie 1802, Biserica a fost reconstruită din temelii între anii 1804-1805. Apoi au urmat reparațiile din 1862, 1938, 1976, continuate cu cele din 1990.

Între anii 1831-1934, aici a vieţuit tânărul Ioan Naniescu, viitorul mitropolit Iosif Naniscu al Moldovei, alături de unchiul său, ierodiaconul Teofilact de la Mănăstirea Frumoasa din Basarabia.

În arhitectura bisericii predomină dreptunghiul. Interiorul are o navă centrală încadrată de nouă nave laterale, la vest, un pridvor, iar la est, altarul, ambele încăperi fiind ceva mai înguste decât nava centrală. Spre Apus, un vestibul cu un mic depozit şi o casă de scară conduc la cafas.

Pictura catapetesmei a fost realizată, în aceeași perioadă cu biserica, de artistul Eustatie Altini. În 1863 catapeteasma a fost reparată și poleită cu aur prin grija logofătului Dimitrie Ghica. În partea din dreapta a naosului, între catapeteasma şi tronul arhieresc se găseşte icoana făcătoare de minuni a Sfântului Ierarh Spiridon, pictată în stil bizantin de către Matei Dunaevschi din Liov, în anul 1757.

Biserica posedă numeroase valori inestimabile: obiecte de cult din metale prețioase, veșminte arhierești, cărți de cult ferecate în argint aurit și cu reprezentative scene biblice executate în email, donate bisericii de către personalitați care au trecut pragul acestui sfânt lăcaș.

În biserica Sfântul Spiridon este îngropat trupul ctitorului Grigore III Ghica (ucis de turci în 1777, din cauza opoziţiei sale faţă de cedarea Bucovinei către austrieci, în 1775), capul fiindu-i dus la Istambul. Turnul în forma mitrei Sfântului Spiridon a fost ridicat în anul 1786, fiind refăcută între 1807-1808 şi apoi reparată la 1862.

Lângă turnul clopotniței se află cele două cişmele. Inscripții în limbile turcă, greacă și română atestă faptul că în anul 1765, în timpul domniei lui Grigore Alexandru Ghica al III-lea, a fost adusă apa în oraș prin olane de lut ars. Aceste fântâni se aseamănă cu cişmeaua de la Mănăstirea Golia. Construite din piatră, toate trei cişmelele sunt compuse sub forma unor portaluri oarbe.

(Foto) Biserica „Sfântul Spiridon” din Iași