Aproape toată lumea ştie că în intestinul omului trăiesc numeroşi microbi, dar mult mai puţini ştiu că această floră intestinală, care, mai nou, se numeşte microbiot, numără o sută mii de miliarde de bacterii, care cântăresc aproximativ două kilograme. Ca număr, aceste bacterii sunt de zece ori mai numeroase decât toate celulele din corpul uman. Ele reprezintă o jumătate de milion de gene, (ceea ce echivalează cu de douăzeci de ori numărul genelor umane), în intestinul unui singur individ.

În 2011, cercetătorii au descoperit că flora intestinală, la om, este de trei tipuri, cam în acelaşi mod în care există şi grupele sanguine. Aceste comunităţi bacteriene au fost numite în funcţie de bacteria dominantă. Interesant este că tipul de  floră microbiană nu depinde nici de originea geografică, nici de vârstă sau de sex. Ceea ce se ştie astăzi este că aceste enterotipuri au o influenţă incontestabilă asupra nutriţiei şi a sănătăţii, deoarece, în funcţie de grupă, alimentele sunt digerate de maniere diferite.

Aceste grupe sunt:

- grupul „bacteroid“. Acesta este prezent la 30% dintre europenii care preferă carnea şi grăsimile animale. Tulburările acestui enterotip se asociază frecvent cu obezitatea;

- grupul „prevotella“ este prezent la 20% dintre europeni şi apare mai frecvent la persoanele care consumă multe fructe şi legume;

- grupul „ruminococcus“, prezent la jumătate din populaţia europeană, este asociat cu consumul de alcool şi uleiuri vegetale.

Interesant este faptul că aceste complexe microbiene, într-o proporţie de 80%, nu pot fi cultivate în laborator. Încercările de a le separa în vederea cultivării nu au dat rezultate, deoarece cele mai multe dintre aceste bacterii mor dacă se încearcă despărţirea lor. De aceea, pentru a le putea studia, cercetătorii de la Institutul Naţional de Cercetări Agronomice din Franţa au implementat un proiect, în valoare de 19 milioane de euro, pentru a construi o bancă naţională de eşantioane ale microbilor din colon, de la o sută de mii de indivizi. Scopul cercetării este de a demonstra impactul florei microbiene asupra sănătăţii.

O altă direcţie de cercetare este cea a echipei lui Michael Bailey de la Universitatea din Ohio (USA), care urmăreşte modul în care stresul poate perturba flora intestinală. Unele cercetări ale acestei echipe au arătat că, la şoarecii supuşi unui stres, bacteriile din tubul digestiv scad ca diversitate, în timp ce unele bacterii periculoase, cum sunt cele din genul clostridium, se multiplică. De remarcat că această bacterie este cea care provoacă infecţii de spital rezistente la majoritatea antibioticelor.

Într-un studiu efectuat pe maimuţe s-a putut demonstra tulburarea florei intestinale, ca urmare a separării puiului de mamă. După doar trei zile de separare, flora intestinală a puiului prezenta o scădere semnificativă a bacililor lactici şi o predispoziţie crescută la infecţii.

Aceeaşi echipă a efectuat cercetări asupra florei intestinale a nou-născuţilor proveniţi din maimuţe, care au suferit un stres auditiv timp de şase săptămâni înainte de naştere. La aceştia s-a observat o scădere semnificativă a numărului de bacterii „prietenoase“ (bacilus bifidus şi lactobacili) în primele şase luni de viaţă. Aceste modificări cresc riscul apariţiei unor infecţii.

În concluzie, în mod normal, bacteriile care trăiesc în intestin contribuie la hrănirea celulelor epiteliale, având şi rolul de a activa sistemul imunitar, în condiţiile etanşietăţii barierei intestinale. Numai în cazul în care această barieră suferă leziuni, bacteriile patogene pot să o traverseze şi să determine bolile numite colopatii.