Între ruinele bisericii, mai precis în exteriorul ei, lângă naos şi pronas, au fost descoperite pietrele de mormânt ale stareţilor Sila şi Paisie, precum şi osemintele lor ca şi cele ale stareţului Natan, toate galbene şi frumoase. Mai înainte de începerea reconstrucţiei schitului, un monah din Mănăstirea Putna, Natanael, retras aici pentru liniştire în prima săptămână a Postului Mare a anului 1990, a văzut o lumină care a venit dinspre sud, de la fosta cişmea a stareţului Sila; ea s-a lăsat pe morminte, a înconjurat biserica şi s-a dus spre nord.

Astăzi, moaştele sfinţilor sunt aşezate spre închinare într-o raclă de lemn sculptat în pridvorul bisericii cu hramul Buna Vestire de la Sihăstria Putnei (refăcută între 1990-1996); deasupra raclei arde neîncetat o candelă, fiecare dintre cele trei sfinte moaşte având o mireasmă deosebită. Multe persoane au adus mărturii că au primit mult ajutor închinându-se acestor moaşte şi rugându-se sfinţilor Sila, Paisie şi Natan. Deşi în duminici şi în sărbători slujbele la Mănăstirea Sihăstria Putnei nu se mai ţin în biserica cu hramul Bunei Vestiri, ci în biserica nouă, mai încăpătoare, cu hramul Izvorul Tămăduirii, s-a creat deja un obicei ca, fie înainte, fie după slujba din biserica mare, credincioşii să meargă să se închine la moaştele cuvioşilor părinţi, aşezate în pronaosul bisericii vechi.