Mănăstirea „Sfântul Rafail” se află la o distanţă de 3 km de localitatea Thermi și la 14 kilometri nord de capitala insulei Lesvos, Mitilini. Actuala mănăstire a fost construită pe locul unei vechi biserici creștine. Biserica „Sfânta Maria-Magdalena” se află înafara incintei mănăstirii, lângă parcare.