În iconofilachion, care se află deasupra trapezei, se păstrează multe icoane portative (secolele XIV-XIX), dintre care cea mai valoroasă este icoana cu „două feţe” (secolul al XIV-lea). Această icoană îl reprezintă pe împăratul Alexie al III-lea Comnenul care este binecuvântat de Hristos în timp ce împreună cu Sfântul Ioan Botezătorul ţine în mână o biserică. Pe spatele icoanei sunt pictaţi cei patru Sfinţi din Trapezunda: Evghenie, Candid, Valerian şi Achila.

În schevofilachion se păstrează veşminte brodate, printre care sacosul Sfântului Nifon, un epitaf foarte frumos (secolul al XVI-lea), darul voievodului Petru Rareş, crucea dăruită de mama lui Constantin Paleologul, Elena Paleologhina (1450), care în 1448 a devenit monahie şi a primit numele de Ipomoni. Aici se mai păstrează o mică reprezentare a Răstignirii (secolul al X-lea) lucrată în fildeş, o deosebită dovadă de miniatură bizantină, o copertă sculptată a unui manuscris (secolul al XIII-lea), cu reprezentări ale Praznicelor împărăteşti, ale Prorocilor Apostolilor, în total 270 de personaje.