De la începuturile veacului al XVIII-lea, în Sfântul Munte a început să se facă simţită nevoia unui așezământ de învățământ, pe care a sădit-o fostul Mitropolitul al Nafpaktosului, Neofit Mavromátis Ivireanul. Iniţiativa a fost susţinută de proegumenul Meletie Vatopedinul şi de obştea Mănăstirii Vatoped.

Ansamblul de clădiri al Școlii a început a fi construit pe un deal aproape de Mănăstirea Vatoped, pe la anul 1745, și a fost definitivat la mijlocul deceniului următor. Având forma unei mănăstiri de mici dimensiuni, în centrul Athoniadei a fost zidit Paraclisul „Sfântul Proroc Ilie Tezviteanul”.

Sigiliul de întemeiere a şcolii a fost emis de către Patriarhul Kiril al V-lea, în 1748, iar primul director şi profesor de limbă greacă veche a fost desemnat Neofit Kavsokalivitul, apoi a urmat Agapie Aghiotafitul. În 1753 conducerea a fost preluată de cunoscutul Evghenie Vulgaris. Foarte repede Școala a dobândit o faimă deosebită, atrăgând o mulţime de elevi. Totuşi, noutatea pentru acea vreme a învăţăturii lui Evghenie, apoi luptele şi fricţiunile interne au influenţat negativ mersul Școlii, având ca rezultat demisia lui Evghenie de la conducerea ei şi părăsirea de bună voie a Sfântului Munte în 1759, pentru a prelua apoi conducerea Academiei Patriarhale de la Constantinopol. Cu toate acestea, Școala Athonită a continuat să funcţioneze până în 1809.

În 1842 Academia a fost redeschisă în Kareia, iar astăzi este găzduită de Schitului vatopedin „Sfântul Andrei” din Kareia, într-o aripă exterioară cu mai multe etaje, chiar în partea dreaptă a intrării.

Ruinele vechii Athoniade din vârful dealului aşteptă refacerea asumată de Mănăstirea Vatoped.