În 1749, Patriarhul de Constantinopol Grigorie al V-lea (1748-1751,1752-1757) a emis un decret prin care aproba înfiinţarea unei şcoli în apropierea Mănăstirii Vatoped. Odată cu înfiinţarea Academiei Athonite, comunitatea monastică locală a jucat un rol esenţial în cadrul mişcării de emancipare a grecilor de sub dominaţia otomană, în timpul secolului al XVIII-lea. Primul director a fost ierodiaconul Neofit Kavsokalivitul, între anii 1749-1753.

În primăvara anului 1753 a fost numit ca director Ierodiaconul Evghenie Vulgaris. În această perioadă, Academia a devenit cunoscută nu numai în lumea ortodoxă, ci în întreaga Europă. În 1759, în urma unor probleme care au survenit și care s-au dovedit insurmontabile, Vulgaris s-a retras din Athoniada. După plecarea lui Vulgaris, Patriarhia Ecumenică a făcut eforturi enorme pentru a susţine Academia, ce continuă totuși să funcționeze, însă cu multe întreruperi.

În 1821 Academia îşi încetează activitatea din cauza Războiului de Independenţă. Acestea au fost ultimele cursuri ţinute în vechea clădire, ale cărei ruine mai pot fi văzute şi în prezent.

În 1842 Academia a fost redeschisă în Kareia. Prin intermediul mai multor donaţii, o nouă clădire a fost ridicată în Kareia în 1844. Această a doua perioadă de funcționare a Athoniadei a durat 95 de ani, cu o întrerupere de 15 ani, din 1915 până în 1930, din cauza Primului Război Mondial.

În 1930, cu hotărârea Sfintei Chinotite, şcoală a fost mutată în cadrul Schitului „Sfântul Andrei” (Sarai), avându-l ca prim director pe Ioachim Iviritul. Athoniada a fost închisă din nou în anul 1940, iar pe 3 octombrie 1953 a fost redeschisă sub conducerea părintelui Natanael Lavriotul.

Numită în prezent „Academia Bisericească Athonită”, această şcoală ocupă o aripă externă din colțul sud-estic al grădinii Schitului vatopedin „Sfântul Andrei” din Kareia şi urmează programa unui Seminar Teologic, cu durata de şase ani.