Cea dintâi biserică a Mănăstirii Simonos Petra fost ridicată chiar de Sfântul Simon Izvorâtorul de Mir, ctitorul așezământului. În anul 1580, mănăstirea a fost distrusă în întregime de un incendiu, iar domnitorul Mihai Viteazul a sprijinit financiar mănăstirea între anii 1593-1601. În 1622, un al doilea incendiu a izbucnit în mănăstire, fără însă a o distruge în întregime.

Al doilea Katholikon a fost sfințit în 1633, în vremea egumenului Timotei. Însă, un al treilea incendiu, în 1891, a afectat așezământul. Focul care a pornit de la brutărie a ars atunci katholikonul cu toate icoanele, vasele și veșmintele, iar policandrele și sfeșnicele s-au topit.

Biserica a fost restaurată după catastrofa din 1891, având același plan și în aceeași locație. În partea de apus a katholikonului a fost creat un pridvor nou.

Recent, au fost finalizate reparațiile necesare la katholikonul mănăstirii, inclusiv montarea noii învelitori de plumb. Totodată, biserica a fost împodobită cu frescă; pridvorul a fost pictat de un ucenic rus al arhimandritului Zenon, iar restul bisericii a fost pictat de părintele Luca de la Mănăstirea Xenofont.

În biserica mare se află o icoană a Maicii Domnului făcătoare de minuni despre care se spune că a venit singură de la Mănăstirea Vatoped. De asemenea, aici se păstrează mâna stângă a Sfintei Maria Magdalena, alături de alte odoare sfinte.