Mănăstirea a fost zidită între anii 980 şi 983 de Ioan Iviritul, general al armatelor bizantine, originar din Iviria (Georgia de azi). Acesta, renunţând la dregătoria sa, a fost tuns în monahism împreună cu fiii săi, Eftimie şi Gheorghe de către Sfântul Atanasie Athonitul, cu care era prieten. Apoi, adunând ajutoare din Iviria, a ctitorit această mănăstire cu hramul Adormirea Maicii Domnului, locuită multă vreme de călugări iviriţi (georgieni).

Mănăstirea a fost de mai multe ori incendiată şi distrusă de piraţi. În timpul patriarhului latin Ioan Vecos  au fost ucişi cu sabia 13 călugări din Iviron, pentru ca se opuneau uniaţiei. O restaurare importantă a mănăstirii a făcut-o în anul 1513 călugărul georgian Gheorghe Varasvatzes, care a fost stareţ al mănăstirii timp de mai mulţi ani. Domnitorul Mihai Viteazul (1593-1601) este considerat şi el unul dintre ctitorii mănăstirii, portretul lui votiv fiind zugrăvit pe unul din pereţii bisericii principale a mănăstirii.