Această mănăstire a fost construită în anul 1597, pe cheltuiala credincioșilor din Vilnius. În Mănăstirea Sfântului Duh din Vilnius se păstrează o copie a icoanei Maicii Domnului „Călăuzitoarea” din Vilnius. Icoana este prăznuită pe 15 februarie (ziua mutării sale în Lituania, 1495) şi pe 14 aprilie (ziua pomeniri Sfinților Mucenici și frați Antonie, Ioan și Eustație din Lituania).