În vremea aceea era un om dintre farisei, care se numea Nicodim și care era fruntaş al iudeilor. Acesta a venit noaptea la Iisus şi I-a zis: Rabi, ştim că de la Dumnezeu ai venit învăţător; că nimeni nu poate face aceste minuni, pe care le faci Tu, dacă nu este Dumnezeu cu el. Răspuns-a Iisus şi i-a zis: Adevărat, adevărat zic ţie: De nu se va naşte cineva de sus, nu va putea să vadă împărăţia lui Dumnezeu. Iar Nicodim a zis către El: Cum poate omul să se nască, fiind bătrân? Oare, poate să intre a doua oară în pântecele mamei sale şi să se nască? Iisus a răspuns: Adevărat, adevărat zic ţie: De nu se va naşte cineva din apă şi din Duh, nu va putea să intre în împărăţia lui Dumnezeu. Ce este născut din trup, trup este; şi ce este născut din Duh, duh este. Nu te mira că ţi-am zis: Trebuie să vă naşteţi de sus. Vântul suflă unde voieşte şi tu auzi glasul lui, dar nu ştii de unde vine, nici încotro se duce. Astfel este cu oricine e născut din Duhul. A răspuns Nicodim şi i-a zis: Cum pot să fie acestea? Iisus a răspuns şi i-a zis: Tu eşti învăţătorul lui Israel şi nu cunoşti acestea? Adevărat, adevărat zic ţie, că noi ceea ce ştim vorbim şi ce am văzut mărturisim, dar mărturia noastră nu o primiţi. Dacă v-am spus cele pământeşti şi nu credeţi, cum veţi crede cele cereşti? Şi nimeni nu s-a suit în cer, decât Cel ce S-a coborât din cer, Fiul Omului, Care este în cer. Şi după cum Moise a înălţat şarpele în pustie, aşa trebuie să se înalţe Fiul Omului, ca tot cel ce crede în El să nu piară, ci să aibă viaţă veşnică. (Ioan 3, 1-15)

Prima parte a celui de-al treilea capitol de la Ioan cuprinde un dialog între Domnul Iisus și un fariseu care, spre deosebire de imaginea generală creată despre farisei în Evanghelii, este cu adevărat interesat de învățătura Mântuitorului și nu vine nici să Îl ispitească, punându-i întrebări capcană, nici să Îl critice pentru reale sau imaginate încălcări ale Legii mozaice. Aceasta se întâmplă după ce, în capitolul al doilea de la Ioan, Domnul alungase pe vânzători și pe schimbătorii de bani din curtea templului, spre surprinderea celor de față. Totuși, fariseul Nicodim a venit cu inimă curată spre a pătrunde sensurile mai adânci ale cuvintelor Învățătorului și a făcut acest lucru noaptea, probabil pentru a nu fi văzut de tovarășii săi din aceeași grupare religioasă pietistă, dar pe alocuri habotnică în ceea ce privește respectarea Legii în litera ei.

Din modul în care Nicodim se adresează Domnului reiese nu doar respectul său, numindu-L „rabi” și „învățător” venit de la Dumnezeu, ci și faptul că venea în numele mai multor farisei care credeau la fel. El nu confirmă doar pentru sine originea divină a puterii lui Iisus, ci folosește pluralul „știm”. De altfel, din cântările Prohodului, cu mai puțin de o săptămână intonate în Vinerea Mare, sunt amintiți adesea Nicodim și Iosif din Arimateea. Cu siguranță că se mai găseau și alți simpatizanți ai învățăturii Domnului, dar care nu se declarau deschis adepți ai Lui, din teamă de a nu fi marginalizați de către ceilalți farisei. Însă Domnul, la această mărturisire a neașteptatului oaspete, nu Se arată măgulit, cu atât mai mult surprins. Scopul propovăduirii Sale este unul și același tot timpul: vestirea apropierii Împărăției lui Dumnezeu, în care sunt chemați să intre toți cei ce cred. De aceea, răspunsul Său la cuvintele lui Nicodim nu pare să aibă o legătură cu laudele acestuia. Iisus caută pur și simplu să-l determine pe interlocutorul Său să iasă dintr-o vedere simplistă a lumii și să caute sensul real al ei, anume dobândirea mântuirii. Nu e interesat să I se dea dreptate în sensul lumesc, ci să învețe pe alții dreptatea adevărată, divină. 

Cele dintâi cuvinte ale lui Hristos sunt: „De nu se va naşte cineva de sus, nu va putea să vadă Împărăţia lui Dumnezeu.” Aceasta înseamnă că vederea Împărăției cerești scapă ochiului pământesc, celui născut „de jos”, adică numai întru cele strict materiale. Nicodim pare să nu înțeleagă ceea ce vrea să spună Iisus, replica lui fiind una de-a dreptul copilărească. Omul bătrân, în opinia sa, ar avea șanse minime să intre în Împărăția lui Dumnezeu, din moment ce nu poate, la dimensiunile sale, să reintre în pântecele maicii sale. Însă, este evident că Mântuitorul nu Se referise la o naștere biologică. O naștere trupească nici nu are cum să fie „de sus”. În Psalmul 50, atât de des intonat în slujbele ortodoxe, se spune: „că întru fărădelegi m-am zămislit și în păcate m-a născut maica mea” (Psalmi 50, 6). În contrast, nașterea neprihănită este un dar ceresc despre care mărturisește Evanghelistul Ioan în Prolog: „Şi celor câţi L-au primit, care cred în numele Lui, le-a dat putere ca să se facă fii ai lui Dumnezeu, care nu din sânge, nici din poftă trupească, nici din poftă bărbătească, ci de la Dumnezeu s-au născut” (Ioan 1, 12-13). Filiația divină este, astfel, un dar dumnezeiesc pe care numai Domnul Iisus îl posedă în mod natural, prin nașterea Sa mai presus de fire și dincolo de veacuri, dar pe care tot El îl oferă tuturor celor care cred în numele Lui. 

Întrebarea lui Nicodim nu rămâne fără un răspuns. Domnul clarifică rostind aceeași frază, dar înlocuind expresia naștere „de sus” cu nașterea „din apă și din duh”. Această sinonimie accentuează importanța Sfântului Botez care este o taină atât în sens liturgic, pe lângă celelalte șase pe care le cunoaștem în Biserică, dar și în sensul concret al cuvântului, fiindcă introduce pe omul botezat într-un mod cu totul de neînțeles, în Împărăția lui Dumnezeu. Botezul creștinilor nu este „numai cu apă”, așa cum boteza prorocul Ioan, „spre pocăință” (Matei 3, 11), ci totodată cu „duh”, după cum spune Domnul. Sau, așa cum completează Înaintemergătorul în același verset, „cu Duh Sfânt și cu foc”. 

Când suntem botezați, preotul nu doar că ne-a „îmbăiat” ritualic în cristelniță cu apă sfințită în biserică, ci suntem spălați totodată cu puterea Duhului Sfânt și născuți din nou, printr-o naștere de sus. Iar aici Iisus vine cu încă o explicație referitoare la „duhul” despre care vorbea. Așa cum „vântul suflă unde voiește şi tu auzi glasul lui, dar nu ştii de unde vine, nici încotro se duce” (a se ține cont că în limba ebraică, vocabula „ruah” se traduce atât prin „vânt”, cât și prin „duh”), tot la fel Duhul Sfânt îi sfințește pe oameni într-un fel tainic, pe care mintea nu îl poate explica.

Deși ca fariseu făcea parte din ceata celor care se credeau a fi învățătorii lui Israel, Nicodim nu pare să înțeleagă cuvintele Domnului și mai cere lămuriri. Nu este prea mult de mirare, din moment ce aceștia se concentrau pe respectarea strictă a regulilor din cărțile sacre ale Legii Vechi, fără a le aprofunda neapărat sensul. Mântuitorul îi răspunde tocmai arătându-i că atâta vreme cât cele pământești din învățătura Sa nu sunt acceptate de farisei, adică cele vizibile: minunile, vindecările, învățăturile practice de zi cu zi, oricăruia îi e imposibil să înțeleagă părțile mai dificile ale credinței, anume cele cerești. Rămânând la o înțelegere pur formală a ritualurilor zilnice, a rânduielii jertfelor, rugăciunilor și sărbătorilor, omul nu se schimbă mai deloc. Rămâne simplu trup născut din trup, adică se reduce la viața de pe pământ. Abia cei care caută un sens duhovnicesc rânduielilor și poruncilor ajung să se desprindă de pământ și să caute cele cerești. Iisus are înțelegere pentru neînțelegerea lui Nicodim. Aceasta fiindcă „nimeni (dintre oameni) nu s-a suit în cer decât Cel ce S-a coborât din cer, Fiul Omului, Care este în cer”. Tainic, Domnul deși S-a întrupat și Se află între oameni, pe pământ, nu Și-a părăsit șederea Sa cerească, de-a dreapta Tatălui. Dar o prezență concomitentă, în lumea materială și limitată, respectiv în cele de sus, mai presus de timp și spațiu, nu poate fi înțeleasă cu rațiunea. La fel, nu poate fi înțeleasă rațional hotărârea lui Dumnezeu de a-Și da Fiul ca jertfă pentru mântuirea oamenilor. În ultimul verset al Evangheliei din Joia Luminată, Domnul Iisus Își vestește deja Pătimirile și Răstignirea, prevăzute în vechime prin înălțarea de către Moise, în pustiu, a unui șarpe de aramă pe un stâlp. La acesta, uitându-se cu credință israeliții mușcați de șerpi veninoși, scăpau de moarte (Numeri 21, 8-9). Tot la fel, cei care caută cu credință pe Hristos, moștenesc Împărăția lui Dumnezeu.