Acest paraclis a fost zidit în urma minunii prin care Maica Domnului a ales locul Mănăstirii Pantocrator.

Împăratul Alexie I a început construcția primelor clădiri ale Mănăstirii Pantocrator la o distanță de 500 de metri de amplasamentul actual, pe limba de pământ unde se află astăzi Paraclisul Sfântului Atanasie, Patriarhul Alexandriei.

În fiecare seară, într-un mod nevăzut, icoana Maicii Domnului „Stareța” și uneltele zidarilor dispăreau, iar dimineața erau găsite într-un loc pustiu.

După repetarea minunii, zidarii au înțeles că era dorința Preasfintei Născătoare de Dumnezeu ca mănăstirea să fie construită în locul ales de ea însăși.

În locul unde fusese începută zidirea mănăstirii a fost ridicat Paraclisul Sfântului Atanasie cel Mare, ca mărturie a minunii Maicii Domnului.