Istoria Schitului Oneaga începe în sec. al XVIII-lea, odată cu stabilirea pe aceste locuri a unor sihaştri ruşi. Boierul Nicolae Cristescu a ctitorit în anul 1780 biserica schitului din bârne de stejar, care a fost închinată Sfântului Mare Mucenic Gheorghe. 

Schitul a fost întreţinut de urmaşii ctitorului care au asigurat hrana necesară şi lemnele pentru foc. Depindea şi atunci de Mănăstirea Sihăstria Voronei, care trimitea aici preoţi slujitori. 

După ce a funcţionat timp de 82 de ani, a fost desfiinţat printr-o ordonanţă domnească, împreună cu alte 30 de mănăstiri şi schituri din Moldova. Biserica a fost demontată şi transportată în satul Vânători, comuna Gorbăneşti, unde a fost remontată şi folosită în continuare drept biserică de mir. 

Dacă numele de călugărie al celor trei pustnici ruşi nu se cunosc, în schimb se cunosc nume de monahi ca Mihail, Isaia, Ghervasie, Ilarion, Inochentie, Ioil. Conform ordonanţei domneşti de desfiinţare a schitului, monahii au avut dreptul să locuiască în continuare în chiliile lor până la moarte. Au rămas în codrii de la Oneaga, în condiţii de adevărată pustnicie, foştii egumeni Ioan şi Veniamin, ambii schimonahi. Schimonahul Veniamin a trăit 100 de ani şi a ajuns atât de sporit şi plin de harul lui Dumnezeu încât umbla desculţ vara şi iarna, vindeca bolnavi cu rugăciuni şi era respectat pentru sfinţenia vieţii sale. Cu cei doi s-a încheiat şirul pustnicilor din poiană.

În anul 1994, PS Calinic Botoşăneanul, Episcop-vicar al Arhiepiscopiei Iaşilor, a avut iniţiativa reînfiinţării acestei vechi aşezări monahale cu obşte de călugări, aşa cum a fost iniţial. Ierom. Petru Chirilă a început în anul 1992 să strângă materialele de construcţie pentru biserică. A făcut o fântână şi primele chilii cu ajutorul unor credincioşi din Oneaga. Fundaţia bisericii a fost turnată în anul 1995, iar trei ani mai târziu, construcţia a fost finalizată. Între anii 1997-1998 s-au realizat icoanele, catapeteasma, pardoselile şi o casă nouă cu trapeză. Lucrările s-au realizat cu sprijinul credincioşilor din Oneaga, Rădăşeni şi Suceava. În anul 1999 s-a sfinţit biserica de către Preafericitul Părinte Daniel, Patriarhul Bisericii Ortodoxe Române, pe vremea arhipăstoririi ca Mitropolit al Moldovei şi Bucovinei. Între anii 2000-2002 s-a construit clopotniţa, iar în anii care au urmat s-a pictat în interior. 

Pictura Bisericii „Acoperământul Maicii Domnului“ a Schitului Oneaga din judeţul Botoşani a fost sfinţită în ziua hramului, 1 octombrie 2011, de PS Calinic Botoșăneanul.