Născut în secolul al XVIII-lea în Naxos, în adolescență a fost trimis la Smirna, pentru a învăța de la dascălul Ierotei. Cunoscând foarte bine scrierile Sfinților Părinți și canoanele, a fost angajat ca secretar al Mitropolitul Antimos, la Naxos, iar după câteva vizite în Sfântul Munte Athos a luat decizia de a păși pe calea monahismului, intrând în Mănăstirea Dionisiu. Ulterior, s-a ocupat de corectarea și pregătirea pentru tipar a Filocaliei.

Dorind mai multă liniște, Sfântul Nicodim s-a retras în chilie și apoi într-o insulă aproape pustie, scriind despre dezrobirea minții. Tot el a fost cel care a tradus operele complete ale Sfântului Simeon Noul Teolog și a corectat și pregătit pentru tipar operele Sfântului Grigorie Palama, dar ultima lucrare a fost distrusă la Viena, pe timp de război.

Înrăutățindu-se starea lui de sănătate, sfântul s-a rugat să fie luat de pe pământ, iar într-o noapte, după ce a cerut să îi fie adusă Sfânta Împărtășanie, a trecut în pace la cele veșnice.