De-a lungul timpului, clădirile din incinta mănăstirii și cu precădere biserica au avut mult de suferit de pe urma incendierilor. În anul 1650, tătarii au distrus o mare parte din orașele și satele moldovenești. Când a fost incendiat Iașul, a ars și Mănăstirea „Trei Ierarhi”, deși era înconjurată cu ziduri înalte și puternice. După retragerea tătarilor, ctitorul a restaurat-o, odată cu palatul domnesc, distrus în aceleași împrejurări.

În anii 1686 și 1687, biserica, chiliile și trapezăria au fost incendiate de oștile polone comandate de regele Ioan Sobieski, care au dat foc și mănăstirii Golia, și Mitropoliei. În 1827, un alt incendiu de proporții a prefăcut în cenușă o mare parte din orașul Iași. În anul 1827 a ars și acoperișul bisericii, care a fost refăcut abia în 1837. Biserica mănăstirii a mai fost grav deteriorată și de cutremurele din anii 1711, 1781, 1795 și 1802.

Câțiva dintre arhimandriții care se succed la egumenia mănăstirii au fost: Cozma, Mitrofan, Ezechil, Gavriil, Dosoftei, Misail, Neofit, Elisei, Samoil și Ignatie.

Sala Gotică și funcțiile ei de-a lungul timpului

Sala Gotică a fost pe rând trapeză (sală de mese) a mănăstirii, paraclis, iar astăzi adăpostește un muzeu de artă religioasă, care cuprinde, printre altele, obiecte legate de istoria Mănăstirii „Sfinții Trei Ierarhi”. Ea a fost construită în plan dreptunghiular, fiind împărțită în două încăperi și acoperită cu bolți susținute de console aplicate în zidurile laterale și de pilaștri dispuși în lung, pe axul sălii. Pe laturile de nord și est, clădirea care adăpostește Sala Gotică are un balcon spațios cu 12 coloane de piatră.

Cutremurele au afectat-o și pe ea, fiind avariată și din cauza incendiului izbucnit în noaptea de 26 spre 27 decembrie 1888.  Deși grav deteriorată, Sala Gotică a fost menținută până în 1890, când s-au început lucrările de restaurare conduse de Lecomte du Noüy. Acesta a refăcut numai zidurile exterioare, până la acoperiș.

Fiindcă domnitorul nu a pretins meșterilor atâta exigență ca la biserică, turnul clopotniță  al mănăstirii a fost terminat cu un an mai înainte (în 1638). Acest turn a fost dărâmat la finele veacului al XIX-lea , cu prilejul lucrărilor de restaurare efectuate.

Aducerea moaștelor Sfintei Cuvioase Parascheva la „Sfinții Trei Ierarhi”

Ca urmare a condițiilor politice și religioase din secolele XIV-XVII impuse Ortodoxiei de Poarta Otomană, Bisericile Ortodoxe din Orient se zbăteau în greutăți apăsătoare morale și materiale. Cu scopul de a le ajuta, Vasile Lupu a plătit la începutul domniei sale datoriile Patriarhiei din Ierusalim. În 1641 a plătit datoriile Patriarhiei din Constantinopol. În schimbul acestor ajutoare, Patriarhia a luat hotărârea de a dărui voievodului Moldovei, în semn de mulțumire, moaștele Sfintei Cuvioase Parascheva. Această sfântă era cunoscută și cinstită cu mare evlavie în Moldova, înainte de aducerea sfintelor ei moaște la Iași.

Părintele Scarlat Porcescu nota: „Ar fi cu totul greșită și neîntemeiată părerea că plata datoriilor patriarhiei de către Vasile Lupu ar fi o cumpărare a moaștelor Prea Cuvioasei Parascheva. Bunăvoința și atenția domnitorului moldovean față de cel dintâi scaun al Ortodoxiei, ca și față de Patriarhiile Ierusalimului și Antiohiei au fost expresii grăitoare ale convingerilor și sentimentelor sale religioase adânci. Prin ajutoarele acordate și prin plata datoriilor pe care le avea îndeosebi Patriarhia din Constantinopol, se ocrotea Ortodoxia care era împresurată de greutăți.

Moaștele Sfintei Parascheva, un dar de mulțumire

Nici Patriarhia constantinopolitană, oricât de grele ar fi fost condițiile în care își îndeplinea misiunea, n-ar fi putut ajunge la hotărârea de a vinde moaștele sfinților pentru rezolvarea greutăților materiale pe care le avea. Patriarhul Partenie și sfetnicii săi, pentru binefacerile și făgăduielile făcute de Vasile Lupu, «n-au găsit nimic alta vrednic și cuviincios pentru a mulțumi» decât dăruirea moaștelor Sfintei Parascheva. Este vorba așadar de un dar de mulțumire.”

Domnitorul Vasile Lupu aduce moaștele Prea Cuvioasei Parascheva și din dorința de „a mulțămi pe popor, iar nesfârșitele rugi ale Prea Cuvioasei să fie spre iertarea păcatelor lui și a tot prea luminatului său neam”.

Potrivit unor mărturii istorice privind strămutarea sfintelor moaște la Iași, acestea au fost coborâte peste zidul de incintă al orașului Constantinopol și transportate apoi cu știrea autorităților turcești, la Iași. De ce s-au petrecut faptele astfel? După rânduielile religioase ale islamului, trupurilor celor morți, cu excepția trupurilor sultanilor, nu puteau fi transportate mai mult de trei mile. Vasile Lupu cheltuise mulți bani pentru transportarea lor la Iași. Negreșit, prin mijlocirea banilor, el obținuse și bunăvoința autorităților turcești care n-ar fi dorit să apară în fața credincioșilor musulmani ca niște uzurpatori ai rânduielilor islamice. De aceea s-a cerut transportarea lor în condiții cât mai tainice, ținând cont încă de un aspect: credincioșii creștini din Constantinopol care s-ar fi putut tulbura de această veste. Pentru paza cinstitelor moaște în drum spre Iași, autoritățile turcești au rânduit cu capugi-bașa (capul portarilor Seraiului)și mai mulți ostași. Ei au fost zugrăviți în nișa care a adăpostit sfintele moaște mai bine de două secole și jumătate.

Orice nenorocire se alină prin rugăciunile depuse cu credință la racla Sfintei

Referitor la modul în care se desfășura sărbătoarea Sfintei Cuvioase Parascheva, acest diacon scria în 1904 că aceasta este o zi de mare prăznuire în toată țara, precum și în țările limitrofe ortodoxe. Creștinii din Iași și din satele învecinate vin în acea zi de dimineață până seara, spre a-și depune rugăciunile lor la racla cu moaștele Sfintei Parascheva și a dobândi de la ea folos sufletesc și trupesc în nevoile lor. Astfel, orice nenorocire se alină prin rugăciunile depuse cu credință. „Sfânta Parascheva a făcut minuni în tot timpul cu cei i s-au rugat cu credință, nu numai la sfintele ei moaște, ci în orice loc s-ar fi aflat rugătorul zelos. Însă clerul nu era deprins atunci a înscrie într-o anumită condică minunile săvârșite prin rugăciunile credincioșilor la racla Sfintei Cuvioase Parascheva”, scria diaconul amintit mai sus.

Incendiul din 1888 și strămutarea sfintelor moaște în Catedrala mitropolitană

În noaptea de 26 spre 27 decembrie 1888 s-a petrecut o minune care a uimit pe toți locuitorii Iașului și care s-a răspândit ca fulgerul în toată țara prin ziarele vremii și prin mărturia celor care au văzut-o cu proprii lor ochi. Din negrijă, a rămas aprinsă lumânarea din sfeșnicul de lângă racla Sfintei, care era mutată în capela amenajată în Sala Gotică, biserica fiind în restaurare. Capela s-a închis și toți au plecat la casele lor. A izbucnit un incendiu, prefăcând tot catafalcul într-o grămadă de cărbuni. Abia spre dimineață a fost descoperit de către niște elevi ai școlii. Dându-se alarmă, au alergat toți din toată părțile cu spaimă la locul dezastrului: preoții bisericii, pompierii, poliția și administrația civilă și bisericească, popor mult și toți au fost uimiți de incendiul întâmplat, și cu atât mai mult de miraculoasa scăpare a sfintelor moaște care au stat ceasuri întregi pe o grămadă de cărbuni aprinși și la o temperatură care a topit și sticlele cu care erau acoperite portretele ctitorești de pe un perete al capelei. Deși s-a topit argintul de pe raclă și s-a făcut scrum lemnul dinlăuntrul ei, moaștele Sfintei au rămas intacte, fără să miroase măcar hainele a fum, iar prețioasele stofe de mătase cu flori aurii și cu mai multe peceți din vechime, aplicate pe la cusături, au rămas întregi precum au fost mai înainte.

După această miraculoasă întâmplare, Mitropolitul de atunci, Iosif Naniescu a dispus ca sfintele moaște să fie mutate în Mitropolie, în care se află și astăzi. În nișa care a adăpostit sfintele moaște se află astăzi moaștele (mandibula) Sfântului Vasile cel Mare.