În urma evenimentelor din 1821, toate construcțiile ansamblului monahal de la Bistrița au avut de suferit de pe urma incendiilor. Chiar în biserica mănăstirii au avut loc adevărate lupte între turci și eteriști. Mormintele ctitorilor au fost profanate și numeroase manuscrise, broderii și obiecte de cult au dispărut.

Măsurile adoptate de Alexandru Ioan Cuza au determinat plecarea călugărilor greci de la Bistrița. Epoca de închinare a acestui așezământ a luat sfârșit odată cu aplicarea Legii secularizării averilor mănăstirești din decembrie 1863. S-a deschis astfel o perioadă de renaștere și reconstrucție datorită căreia vatra de cultură și Ortodoxie de altădată a reînviat încetul cu încetul.

Aici, la Bistrița a funcționat un spital de campanie în care peste opt sute de răniți au fost îngrijiți, spital care a fost transformat mai apoi în orfelinat pentru copiii rămași orfani după cel de-al Doilea Război Mondial.

Serbare națională pentru Alexandru cel Bun –​ „părintele Moldovei”

Atunci când s-a împlinit o jumătate de mileniu de la trecerea la cele veșnice a voievodului Alexandru cel Bun, în anul 1932, osemintele ctitorului și ale soției sale au fost deshumate și reașezate pe latura nordică a gropniței, sub două bolți de piatră. Mănăstirea Bistrița a fost atunci gazda unei ample serbări naționale pentru cel care a intrat în istoria țării sub numele de „părintele Moldovei”.

50 de ani mai târziu, vrednicul de pomenire patriarh Teoctist, pe atunci Mitropolit al Moldovei și Sucevei, sfințea statuia în marmură albă a lui Alexandru cel Bun, opera remarcabilă a sculptorului Gir Rădulescu, aflată lângă biserică, pe latura de sud.

După evenimentele din anul 1989, Mănăstirea Bistrița și-a redobândit adevărata misiune de așezământ monahal și astăzi, în 2014, este o biserică și o mănăstire vie.