O perioadă a fost depozit militar de explozibil; după aceea s-a aflat în folosința Ministerului Metalurgiei, o vreme în patronarea Sfatului Popular Regional Iași, care l-a folosit drept casă de odihnă pentru copii, pe urmă, în patrimoniul Universității Iași, iar din 1960, aici a fost înființată o școală pentru copii cu deficiență mentală severă și foarte severă.

Părintele arhimadrit Cleopa Nistor scria în cartea sa, Miclăușeni: istorie, prezent și perspectivă: „Nu știm care au fost adevăratele intenții ale desființării acestei mănăstiri, care au fost interesele sau, mai bine zis, cine și ce interese a avut pentru acest castel. Cert este că s-a vrut și s-a reușit ca măcar nici mănăstire să nu fie. Deranja autoritățile vremii ca într-un asemenea castel, cu un mare potențial economic sau politic, să stea o comunitate de maici care, în opinia lor, se puteau ruga și în altă parte. Dar autoritățile nu au luat în considerare faptul că exista un act de donație, care trebuia respectat. Căci atât timp cât au avut puterea politică de partea lor, nu-i mai interesa nici un act, considerându-se stăpâni absoluți peste averile altora.

„Reînființarea Mănăstirii Miclăușeni, un act de dreptate”

De altfel, aici era unul dintre locurile pentru petrecerile urâte ale cadrelor de partid, loc unde se puteau întâlni și petrece, fără remușcări că la 300 de metri mai sus, lângă biserică, își dormeau somnul de veci atât cea care a renunțat la toate pentru a înființa aici un așezământ sfânt, cât și cei care au dat importanță și prestigiu locului acestuia.

Dar Dumnezeu a lucrat în așa fel că doar trebuia să avem răbdare. Ceea ce a fost și este important e că nu au distrus acest act de donație și că nu au întocmit alte acte care să ateste trecerea imobilelor de aici în proprietatea statului, acte care ar fi contestat faptul că domeniul Miclăușeni a fost și este proprietatea unei mănăstiri. Aceasta a fost lucrarea lui Dumnezeu, datorită căreia, așa cum vom vedea, s-a putut retroceda totul Bisericii, astfel că reînființarea mănăstirii a reprezentat nu numai respectarea vrerii, cu suport juridic, a donatoarei, dar și un act de dreptate”.