Cimitirul este împrejmuit cu un zid înalt, care a fost construit în anul 1892. Până în secolul al XVI-lea, cimitirul era în incinta mănăstirii, la est de biserica principală. La parterul bisericii de astăzi a cimitirului se află osuarul cu boltă, care a existat probabil chiar din faza inițială a înălțării clădirii, data exactă a construcției lui nefiind cunoscută.

În anul 1683 biserica a fost renovată și, probabil în aceeași perioadă, a fost pictată. În anul 1841 i-a fost adăugat un pridvor. Odată cu aceste lucrări de reparație, la 5 octombrie 1841 au fost descoperite Sfintele Moaște întregi ale Cuviosului Evdochim, făcătorul de minuni. Sfântul era în poziție de rugăciune și ținea în mâini o Icoană a Maicii Domnului. Când a fost descoperit, tot locul dimprejur s-a umplut de bună mireasmă. De atunci, Sfintele lui Moaște săvârșesc multe minuni pentru cei ce cu credință se apropie de ele.

În anul 1945, paraclisul și locuința groparului (paznicului cimitirului), aflată în vecinătatea capelei, au ars, însă ele au fost refăcute în aceeași perioadă.

Intrarea în biserică se află în partea de sud. Biserica are o cupolă semicilindrică joasă. În exterior are un acoperiș în două înclinații care, înainte de incendiu erau construite în patru înclinații. Fațadele sunt decorate cu arcade oarbe, iar absida altarului are trei laturi.

(Foto) Mănăstirea Vatoped şi împrejurimile sale