Intrarea în mănăstirea Vatoped se face printr-o poartă, în partea de vest a complexului. Deasupra porții de la intrarea în mănăstire este pictată pe perete Icoana Maicii Domnului „Pirovolitissa” (împușcata).

După intrarea în curtea mănăstirii, în partea dreaptă se află paraclisul Cinstitului Brâu al Maicii Domnului, zidit fiind de voievodul Țării Românești, Sfântul Neagoe Basarab (1526). Puțin mai sus este paraclisul Sfinților Fără de Arginți, construit de Sfântul Sava pentru monahii sârbi. În colțul nord-estic al mănăstirii se află turnul Schimbării la Față, cunoscut sub numele de „turnul lui Cantacuzino” (1354). După tradiție, Sfântul Sava, viitorul ctitor al Mănăstirii Hilandar, a zidit în turn (1184-1190) un paraclis cu hramul „Schimbarea la Față”.

În fața katholikonului este trapeza mănăstirii, zidită la începutul secolului al XII-lea de către împăratul Alexie I Comneanul (1081-1118). Lângă trapeză, în partea de sud, se află clădirea care adăpostește vasele cu untdelemn ale mănăstirii. Aici se păstrează Icoana Maicii Domnului „Eleovritissa”, adică „Izvorâtoarea de untdelemn”.

Aghiasmatarul din marmură, pictat în cupolă la 1810 cu scene de la Botezul Domnului și Rusalii, se află în colțul de sud-vest al bisericii mari, în fața turnului cu ceas. În partea de sud a aghiasmatarului este turnul clopotniței (1427), înalt de peste 35 de metri.

Katolikonul Mănăstirii Vatoped, închinat Bunei Vestiri, a fost construit în secolul al X-lea, după planul bizantin, de cruce greacă înscrisă, cu patru bolți în leagăn, ce sprijină cupola centrală pe patru coloane din porfir.

În interior, în dreapta pronaosului se află paraclisul „Sfântul Nicolae”, în care se găsește un mozaic cu chipul Sfântului din epoca bizantină (secolul al XI-lea), unicat în Sfântul Munte. În partea stângă este paraclisul „Sfântul Dimitrie”, în al cărui pridvor se păstrează Icoana Maicii Domnului numită „Esfagmeni” (Junghiata).

În stânga pronaosului este zugrăvită pe perete Icoana Maicii Domnului numită „Antifonitria”, cea care a poruncit Plachidiei să nu intre în biserică. În naosul bisericii, în partea stângă, se află strana cu Icoana Maicii Domnului „Odighitria”. În fața ei este agățată o Icoană mică și mai nouă a Maicii Domnului, numită „Pantanassa”, care vindecă în chip minunat pe cei ce se închină ei cu credință. În Sfântul Altar, așezată pe un tron, se regăsește Icoana făcătoare de minuni a Maicii Domnului „Vimatarissa”.

Deasupra Paraclisului Sfântului Dimitrie, în partea de nord, se află Paraclisul Maicii Domnului „Paramithia”. Aici se păstrează și Icoana făcătoare de minuni cu același nume.

În interiorul mănăstirii mai sunt încă nouă paraclise, iar în afara ei, douăsprezece.

Biblioteca și arhiva se adăpostesc în turnul din partea de nord-est a mănăstirii, numit „Turnul Maicii Domnului”.

Cimitirul și paraclisul cimitirului de la Vatoped se află în partea de vest a platoului inferior din afara mănăstirii.

Parterul marii clădiri care se află la portul mănăstirii este construit de Sfântul Voievodul Ștefan cel Mare (1496) și refăcut de egumenul Dionisie (1672). Pe fațadă este o sculptură în relief care reprezintă pe voievod purtând sabie și coroană și oferind Maicii Domnului clădirea.

În apropierea mănăstirii, în partea de răsărit, pe o colină sunt ruinele Academiei Teologice „Athoniada”. În centrul clădirilor ruinate ale Athoniadei, care adăposteau o sută șaptezeci de chilii și de camere pentru profesori, se află Biserica Sfântului Proroc Ilie, de curând refăcută.

De mănăstirea Vatoped țin și două așezăminte mari: Schitul idiortimic Sfântul Dimitrie, așezat într-o zonă împădurită, la o distanță de o jumătate de oră de mers pe jos de la mănăstire, și Schitul „Sfântul Andrei” (Serai) din Kareia.

În partea de răsărit a mănăstirii, lângă drumul ce duce spre Kareia, se află sihăstria Colciu cu turnul bizantin. Aici sunt opt chilii, dintre care două locuite de monahi români: Chilia „Sfântul Gheorghe”, unde a trăit vestitul duhovnic Dionosie Ignat și Chilia Sfântul Ioan Botezătorul. În partea de sud a mănăstirii, la o distanță de o jumătate de oră de mers pe jos, este Chilia „Sfântul Ipatie”, construită de frații români Baldovin.

În afară de cele deja enumerate, mănăstirea mai mare are nouăsprezece chilii, dintre care cinci se află în Kareia și două în locul numit Giftadica, aflat aproape de Mănăstirea Pantocrator.