Potrivit vechilor cronici moldovenești zidirea mănăstirii Putna, ctitorie a Sfântului Voievod Ștefan cel Mare, a început în anul 1466 și s-a terminat în 1469. Sfințirea bisericii cu hramul „Adormirea Maicii Domnului” a fost săvârşită de mitropolitul Teoctist la 3 septembrie 1469.

Biserica mănăstirii a fost devastată de oștile lui Timuș Hmelnițki. Lucrările de reconstruire au fost începute de voievodul Vasile Lupu în 1653, continuate de Gheorghe Ștefan (1653-1658) și terminate, sub domnia lui Eustatie Dabija, în 1662. Incinta mănăstirii şi Biserica au fost restaurate între anii 1756-1760 prin grija mitropolitului Iacob Putneanul, apoi în 1902, când s-a refăcut acoperișul după planurile arhitectului Karl Romstorfer, și, mai recent, în perioada 1961-1975. S-au păstrat liniile arhitectonice inițiale specifice stilului moldovenesc, fiind alcătuită din cinci încăperi: pridvor, pronaos, gropniță, naos și altar. Se regăsesc astfel reunite elemente de arhitectură bizantine, gotice și renascentiste. La exterior biserica este încinsă cu un brâu răsucit în torsadă simbolizând Preasfânta Treime, motiv ce se regăsește și în ornamentația interioară.