Deși există mai multe mărturii indirecte despre existența mănăstirii, primele dovezi certe datează din anul 1654, când satul și moșia din Sâmbăta de Sus au intrat în stăpânirea lui Preda Brâncoveanu, care a construit o bisericuță din lemn pe valea râului Sâmbăta, probabil pentru călugării sihaștri de aici. 

Pe locul acesteia, în jurul anului 1696, domnitorul Constantin Brâncoveanu, domn al Țării Românești (1688-1714), a zidit din piatră și cărămidă o mănăstire mai mare cu viață de obște. Tot aici se înființează o „Școală de gramatici", un atelier de pictură și o mică tipografie, după modelul brâncovenesc folosit în toate ctitoriile domnești. 

În 1762, stăpânirea austro-ungară începe distrugerea bisericilor și mănăstirilor românești prin incendiere pe cele din lemn și prin dărâmare cu tunurile pe cele de piatră, ocolind mănăstirea de la Sâmbăta. 

După decapitarea domnitorului Constantin Brâncoveanu de către turci în anul 1714, Curtea din Viena a ținut seama mai întâi de moștenitoare, doamna Marica, soția acestuia, și apoi de faptul că mai rămăsese în viață un nepot al domnitorului. Însă în 1785, curtea de la Viena, la cererea administrației catolice și la insistențele episcopului greco-catolic Grigorie Maior, a trimis pe generalul Preiss, care a dărâmat mănăstirea brâncovenilor. 

Cinstea de a deveni al doilea ctitor al Mănăstirii Brâncoveanu de la Sâmbăta de Sus i-a revenit IPS Dr. Nicolae Balan, care a început restaurarea bisericii în anul 1926, păstrând arhitectura caracteristică stilului brâncovenesc și pictura veche din interiorul bisericii.

Muzeul Mănăstirii Brâncoveanu deține una dintre cele mai bogate colecții de picturi vechi pe sticlă, aparținând secolelor XVIII-XIX, în mare majoritate executate în manieră popular-naivă, icoane pe lemn, predominant fiind stilul brâncovenesc, o colecție unică de carte veche (din sec. XV-XVII în limbile latină, italiană, germană, franceză, arabă, și română cu caractere chirilice), manuscrise persane și arabe, pergamente, scrisori, o numeroasă colecție numismatică ce reunește sute de monede antice și vechi, precum și o valoroasă colecție de obiecte de cult (cruci, potire, discuri, veșminte liturgice ortodoxe, evidențiindu-se o bederniță brodată în fir de aur, argint și cu perle naturale din secolul al XV-lea, un brocart din secolul al XVI-lea, un veșmânt arhieresc care a aparținut Sfântului Iosif de la Partoș). 

Un mare renume l-a adus mănăstirii atelierul de pictură pe sticlă. 

Biblioteca Mănăstirii Brâncoveanu deține manuscrise și peste 50000 de volume de carte acoperind cele mai diverse domenii: religie, literatură, istorie, filozofie, artă, geografie, științe exacte, drept, etc. De asemenea, biblioteca conține și o bogată colecție de enciclopedii, periodice, reviste și ziare.