Deşi Sfântul Antonie a trăit în singurătate întreaga viaţă, ucenicii au format o comunitate. Ei locuiau în chilii separate, dar se întâlneau pentru a lua masa şi pentru a se ruga împreună.

Spre sfârşitul secolului al V-lea, pustnicii au început să-şi aşeze chiliile în jurul bisericii.

În secolele VI şi VII, Mănăstirea Sfântului Antonie a devenit adăpost pentru monahii de la mănăstirile din Sketis (Wadi El Natrun), retraşi din calea atacurilor beduinilor şi a berberilor. Între cei care au găsit adăpost aici a fost şi Sfântul Ioan Colov (cel Mic).

După Sinodul Ecumenic de la Calcedon din anul 451, conducerea mănăstirii a fost pricină de dispută secole de-a rândul între ortodocşi şi copţi, până în secolul al VIII-lea, când a revenit Bisericii copte.

După o perioadă de înflorire culturală deosebită, spre sfârşitul secolului al XV-lea, mănăstirea este atacată de beduini, care îi omoară pe toţi monahii şi distrug o parte dintre clădirile monahale. Peste numai câţiva ani, mănăstirea a fost restaurată de patriarhul copt Gavriil al VII-lea.

Astăzi în incinta mănăstirii se înalţă şapte biserici. Moaşte Sfântului Antonie cel Mare se păstrează în biserica închinată sfântului.