Cuviosul Pavel ar fi rămas necunoscut dacă nu s-ar fi întâlnit cu Sfântul Antonie. Se spune că părintele monahismului s-a rugat lui Dumnezeu şi acesta i-a descoperit că în deşert, în apropierea locului în care el se nevoieşte, se află un pustnic care este mai sporit decât el în nevoinţă şi în dragoste. Sfântul Antonie a dorit să îl cunoască şi atunci Domnul l-a călăuzit prin pustiu, cale de aproape 60 de kilometri, până la peştera în care se nevoia Sfântul Pavel. După ce şi-au împărtăşit din experienţele ascetice, Sfântul Antonie s-a întors în peştera sa, făgăduindu-i Sfântului Pavel că va reveni. Când s-a reîntors, acesta trecuse deja la Domnul. Drept binecuvântare, Sfântul Antonie a luat haina pe care Cuviosul Pavel şi-o împletise singur din ramuri de finic.

Prima obşte monahală s-a stabilit în apropierea peşterii încă din secolul al V-lea. Iar prima atestare documentară este din secolul al VI-lea, într-o însemnare a pelerinului Antoninus Martir, ce a vizitat mănăstirea între anii 560-570.

Ca şi Mănăstirea Sfântului Antonie, Lavra Sfântului Pavel Tebeul a fost atacată în repetate rânduri de triburile de beduini. Cel mai distructiv jaf s-a petrecut în anul 1484, când mulţi dintre monahi au fost ucişi.

Lavra a fost ulterior refăcută în secolul al XVI-lea, însă un nou atac al beduinilor i-a forţat pe călugări să abandoneze mănăstirea. Abia la începutul secolului al XVIII-lea, după 119 ani, mănăstirea a fost repopulată cu călugări de la Mănăstirea Sfântului Antonie. De atunci, viaţa monahală s-a desfăşurat aici neîntrerupt.

Pelerinii care păşesc pragul mănăstirii se pot închina moaştelor Sfântului Pavel Tebeul ce se păstrează până astăzi în peştera sa.